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- PDB-6y37: CCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans with cccA DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y37
タイトルCCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans with cccA DNA
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
  • HapB
  • Transcription factor HapC (Eurofung)
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / heterotrimer / histone fold / protein:DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional activator HAP2 / Histone H2A/H2B/H3 domain-containing protein / Transcription factor HapC (Eurofung)
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Groll, M. / Huber, E.M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GR 1861/8-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1309-325871075 ドイツ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Structural basis of HapE P88L -linked antifungal triazole resistance in Aspergillus fumigatus .
著者: Hortschansky, P. / Misslinger, M. / Morl, J. / Gsaller, F. / Bromley, M.J. / Brakhage, A.A. / Groll, M. / Haas, H. / Huber, E.M.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HapB
B: Transcription factor HapC (Eurofung)
C: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
D: DNA (25-MER)
E: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4286
ポリマ－47,3365
非ポリマー921
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.680, 72.010, 148.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 HapB


分子量: 7669.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_07545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EAZ0
#2: タンパク質 Transcription factor HapC (Eurofung)


分子量: 10641.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ANIA_04034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B5Z6
#3: タンパク質 CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein / HapE


分子量: 13666.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: AN6492.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AYY8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7622.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
#5: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7735.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

-
非ポリマー , 2種, 124分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48 Å / Num. obs: 36047 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. unique obs: 4419

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G92

4g92


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 11.873 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 1802 5 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1966 34232 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.72 Å2 / Biso mean: 55.544 Å2 / Biso min: 32.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å2-0 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2193 1025 6 123 3347
Biso mean--60.18 58.17 -
残基数----319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0123399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.4774792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1961.8846322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1575268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.68820.985132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59615431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.131522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.37136113
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 131 -
Rwork0.274 2487 -
all-2618 -
obs--99.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6455-1.0574-0.0941.83690.03780.27750.1510.04440.1865-0.1836-0.127-0.2399-0.08210.1748-0.0240.11160.00690.0070.151-0.00290.240919.07074.5013-39.3506
20.56280.0306-0.10880.65310.33320.8884-0.0321-0.03530.05080.0940.02810.02670.01860.10160.00410.13920.01630.0080.01450.00340.13837.41710.8374-29.9898
30.53570.00650.12880.83070.25510.4893-0.03050.0150.03020.010.03760.14070.02190.0615-0.00710.12710.0115-0.00460.00850.00280.14163.5267-2.1052-35.6319
40.1121-0.0650.1530.69320.72522.63680.005-0.00730.00980.09660.0434-0.10430.19930.17-0.04840.08310.0243-0.0160.079-0.00440.068122.8051-7.5029-27.4783
50.3022-0.05590.07690.5331-0.29750.1986-0.00490.0034-0.0534-0.04730.0028-0.05920.05790.05940.0020.10280.0653-0.00320.1461-0.04220.11323.543-8.0057-32.962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A231 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B42 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3C47 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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