PDB-6y33: Streptavidin mutant S112R with a biotC5-1 cofactor - an artificia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y33

タイトル

Streptavidin mutant S112R with a biotC5-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase

要素

Streptavidin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Artificial Metalloenzyme / Iron Hydroxylase / Biotin-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	200020_182046	スイス
Swiss National Science Foundation	NCCR MSE	スイス
European Research Council (ERC)	694424	European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 194-2017	ドイツ
European Research Council (ERC)	H2020-MSCA-IF-2016	European Union

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Enantioselective Hydroxylation of Benzylic C(sp3)-H Bonds by an Artificial Iron Hydroxylase Based on the Biotin-Streptavidin Technology.
著者: Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

履歴

登録	2020年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y33.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y33.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y33_validation.pdf.gz	737.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y33_full_validation.pdf.gz	738 KB	表示
XML形式データ	6y33_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	6y33_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y25C 6y2mC 6y2tC 6y34C 6y3qC 3pk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y34-1 3wzn-1 2izf-1 6vo9-1 3rdx-2 5vl5-1 6aul-1 5wba-1 6vob-1 6y25-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, mass spectrometry
69.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.633, 57.633, 183.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-305- HOH
2	1	AAA-325- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16639.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-O7Q / biotC5-1 cofactor 分子量: 681.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₉FeN₇O₆S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→45.91 Å / Num. obs: 25967 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 24.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.49→1.51 Å / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 2.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1160 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PK2

3pk2

解像度: 1.49→45.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	1284	4.95 %
R_work	0.1688	-	-
all	0.17	-	-
obs	-	25938	99.524 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.078 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.078 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→45.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	23	78	1025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.018	837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.979	1.669	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.527	1.575	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.31	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.414	21.667	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.714	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.269	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.156	2.162	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.095	2.157	505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.233	3.232	636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.235	3.235	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.276	2.417	486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.272	2.419	487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.844	3.488	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.84	3.493	723
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.029	24.84	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.013	24.683	1073

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.525	0.344	89	0.294	1690	X-RAY DIFFRACTION	94.88
1.525-1.567	0.222	84	0.237	1765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.567-1.612	0.301	78	0.225	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.662	0.203	93	0.195	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.662-1.717	0.242	76	0.175	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.777	0.176	80	0.153	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.777-1.844	0.17	92	0.144	1487	X-RAY DIFFRACTION	99.4959
1.844-1.919	0.163	91	0.15	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.919-2.004	0.16	81	0.153	1387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.102	0.218	58	0.154	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.216	0.187	74	0.148	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.216-2.35	0.182	54	0.152	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.512	0.167	65	0.15	1151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.512-2.713	0.196	59	0.174	1063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.972	0.17	51	0.158	988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.322	0.172	36	0.146	909	X-RAY DIFFRACTION	99.1605
3.322-3.836	0.205	49	0.159	807	X-RAY DIFFRACTION	99.8833
3.836-4.696	0.207	29	0.15	693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.696-6.632	0.188	27	0.206	561	X-RAY DIFFRACTION	100
6.632-45.91	0.208	18	0.278	345	X-RAY DIFFRACTION	99.7253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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