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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y2k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-galactosidase from the psychrophilic Marinomonas ef1 | ||||||
![]() | beta-galactosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / glycosyl hydrolase / psychrophilic enzyme / hexameric structure / cold adaptation / enzyme kinetics / cooperativity | ||||||
機能・相同性 | ![]() Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mangiagalli, M. / Lapi, M. / Maione, S. / Orlando, M. / Brocca, S. / Pesce, A. / Barbiroli, A. / Pucciarelli, S. / Camilloni, C. / Lotti, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The co-existence of cold activity and thermal stability in an Antarctic GH42 beta-galactosidase relies on its hexameric quaternary arrangement. 著者: Mangiagalli, M. / Lapi, M. / Maione, S. / Orlando, M. / Brocca, S. / Pesce, A. / Barbiroli, A. / Camilloni, C. / Pucciarelli, S. / Lotti, M. / Nardini, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kwgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75248.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M NaCl, 100 mM Na-citrate, 2% ethylene imine polymer. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→116.29 Å / Num. obs: 96335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.4 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 33.6 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Num. unique obs: 3405 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KWG 解像度: 1.9→116.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.35 Å2 / Biso mean: 20.48 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→116.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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