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万見
- PDB-6y2k: Crystal structure of beta-galactosidase from the psychrophilic Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y2k
タイトルCrystal structure of beta-galactosidase from the psychrophilic Marinomonas ef1
要素beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase / psychrophilic enzyme / hexameric structure / cold adaptation / enzyme kinetics / cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Marinomonas sp. ef1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mangiagalli, M. / Lapi, M. / Maione, S. / Orlando, M. / Brocca, S. / Pesce, A. / Barbiroli, A. / Pucciarelli, S. / Camilloni, C. / Lotti, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The co-existence of cold activity and thermal stability in an Antarctic GH42 beta-galactosidase relies on its hexameric quaternary arrangement.
著者: Mangiagalli, M. / Lapi, M. / Maione, S. / Orlando, M. / Brocca, S. / Pesce, A. / Barbiroli, A. / Camilloni, C. / Pucciarelli, S. / Lotti, M. / Nardini, M.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,24113
ポリマ－75,2491
非ポリマー99212
水17,619978
1
A: beta-galactosidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,44578
ポリマ－451,4946
非ポリマー5,95172
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_667-y+1,-x+1,-z+5/21
crystal symmetry operation11_657-x+y+1,y,-z+5/21
crystal symmetry operation12_557x,x-y,-z+5/21
Buried area46680 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area118330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.332, 133.332, 232.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

HOH

21A-1541-

HOH

31A-1658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 beta-galactosidase


分子量: 75248.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas sp. ef1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M NaCl, 100 mM Na-citrate, 2% ethylene imine polymer.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→116.29 Å / Num. obs: 96335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.4 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 33.6 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Num. unique obs: 3405 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KWG

1kwg


解像度: 1.9→116.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1888 4630 5 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.164 87612 95.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.35 Å2 / Biso mean: 20.48 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.34 Å20 Å2
2--0.69 Å2-0 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→116.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 62 999 6305
Biso mean--55.32 34.76 -
残基数----656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.9487616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.922311656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9895694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81423.464280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63115893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3471543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021208
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 279 -
Rwork0.289 5855 -
all-6134 -
obs--87.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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