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- PDB-6y2h: The crystal structure of human chloride intracellular channel pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y2h
タイトルThe crystal structure of human chloride intracellular channel protein 5
要素Chloride intracellular channel protein 5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Chloride intracellular channel / CLIC / metamorphic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium base / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / chloride channel activity / chloride channel complex / visual perception / female pregnancy / sensory perception of sound ...stereocilium base / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / chloride channel activity / chloride channel complex / visual perception / female pregnancy / sensory perception of sound / actin cytoskeleton / cell cortex / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / apical plasma membrane / centrosome / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
CLIC5, C-terminal GST domain / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...CLIC5, C-terminal GST domain / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Chloride intracellular channel protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.154 Å
データ登録者Ferofontov, A. / Giladi, M. / Haitin, Y.
資金援助 イスラエル, 4件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1721/16 イスラエル
Israel Science Foundation1775/12 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-2425-418.13/2016 イスラエル
Other privateICRF 01214 イスラエル
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020
タイトル: Conserved cysteine dioxidation enhances membrane interaction of human Cl - intracellular channel 5.
著者: Ferofontov, A. / Vankova, P. / Man, P. / Giladi, M. / Haitin, Y.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 5
B: Chloride intracellular channel protein 5
C: Chloride intracellular channel protein 5
D: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,58217
ポリマ－107,8274
非ポリマー75513
水6,864381
1
A: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1314
ポリマ－26,9571
非ポリマー1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3057
ポリマ－26,9571
非ポリマー3486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1314
ポリマ－26,9571
非ポリマー1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0152
ポリマ－26,9571
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.990, 93.960, 109.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...
21(chain B and ((resid 14 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 14 and (name N or name...
41(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVAL(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 203 - 9
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA2110
13METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
14METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
15METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
16METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
17METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
18METMETSERSER(chain A and (resid 14 through 20 or (resid 21...AA14 - 2493 - 238
21METMETMETMET(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB143
22GLYGLYARGARG(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB12 - 2471 - 236
23GLYGLYARGARG(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB12 - 2471 - 236
24GLYGLYARGARG(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB12 - 2471 - 236
25GLYGLYARGARG(chain B and ((resid 14 and (name N or name...BB12 - 2471 - 236
31METMETMETMET(chain C and ((resid 14 and (name N or name...CC143
32GLYGLYLEULEU(chain C and ((resid 14 and (name N or name...CC12 - 2481 - 237
33GLYGLYLEULEU(chain C and ((resid 14 and (name N or name...CC12 - 2481 - 237
34GLYGLYLEULEU(chain C and ((resid 14 and (name N or name...CC12 - 2481 - 237
35GLYGLYLEULEU(chain C and ((resid 14 and (name N or name...CC12 - 2481 - 237
41METMETVALVAL(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD14 - 203 - 9
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD2110
43ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
44ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
45ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
46ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
47ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
48ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
49ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
410ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
411ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238
412ALAALASERSER(chain D and (resid 14 through 20 or (resid 21...DD13 - 2492 - 238

-
要素

#1: タンパク質
Chloride intracellular channel protein 5


分子量: 26956.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZA1
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M NaSCN, 17%PEG 3350, 7% MEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: With 20% MEG as cryoprotectant / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→48.005 Å / Num. obs: 65103 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 12363

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHE

2ahe


解像度: 2.154→48.005 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 2494 5.06 %
Rwork0.201 --
obs0.2033 49260 82.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.71 Å2 / Biso mean: 48.3791 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.154→48.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6541 0 39 381 6961
Biso mean--63.7 48.8 -
残基数----869
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2444X-RAY DIFFRACTION8.652TORSIONAL
12B2444X-RAY DIFFRACTION8.652TORSIONAL
13C2444X-RAY DIFFRACTION8.652TORSIONAL
14D2444X-RAY DIFFRACTION8.652TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1543-2.19580.479890.23282247
2.1958-2.24060.2517360.233965821
2.2406-2.28930.2555610.2577133042
2.2893-2.34250.325990.2738208867
2.3425-2.40110.29141530.2678261385
2.4011-2.4660.2941430.272301095
2.466-2.53860.32211690.2497309899
2.5386-2.62050.29681670.2291313099
2.6205-2.71420.27441420.2252308699
2.7142-2.82290.2621720.2212309099
2.8229-2.95130.26011720.2256310299
2.9513-3.10690.26851650.2168308198
3.1069-3.30150.26381770.2161299096
3.3015-3.55630.23831750.192304598
3.5563-3.91410.22121500.1723308797
3.9141-4.48010.20091670.1583304497
4.4801-5.6430.22191780.1708298795
5.643-48.0050.22491590.1978310396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8232-2.8228-0.35227.9065-6.59998.739-0.8564-0.02070.75960.7757-0.1842-0.3068-1.3388-0.76661.13221.10170.14030.14990.504-0.09521.146-12.346119.435947.4021
23.3779-1.73370.44242.8123-2.02385.1010.1565-0.1507-0.3839-0.0403-0.06610.77660.0289-0.4224-0.07680.2669-0.01310.07570.28-0.08830.395724.52814.47897.3133
32.209-0.35081.46350.0841-0.63836.84730.03440.7138-0.8962-0.39030.47940.74260.9372-0.6298-0.32730.4445-0.03810.03130.4945-0.16710.7719.391512.93123.5612
42.9951-0.7569-0.42293.4423-1.1263.47520.1350.0717-0.1418-0.0854-0.3107-0.08570.01190.27240.12930.2494-0.02750.03950.2241-0.08960.239438.485213.44382.8346
53.2584-0.8533-0.22293.0349-0.41343.69510.096-0.30640.04540.5071-0.2074-0.1549-0.24440.4550.10820.2443-0.0858-0.02520.3332-0.02410.27241.115214.439213.6116
63.1431-0.4906-1.09575.4214-0.01354.12750.0186-0.0187-0.2127-0.1152-0.1671-0.52930.14890.28710.10820.1963-0.0283-0.00430.19750.02380.255749.6104-7.9741-12.7416
72.34840.3555-0.40194.31310.46014.72280.1863-0.01350.2371-0.18860.05030.0253-0.96030.0955-0.13150.3122-0.02520.02220.2253-0.02910.251946.610112.407-15.4311
81.844-0.3382-0.35128.2858-0.6772.92090.23440.2010.1569-0.2744-0.11760.4914-0.5503-0.1406-0.13430.32050.00010.09570.2497-0.03210.34667.416119.022124.9727
92.8890.09330.2433.76520.54553.61250.0392-0.191-0.28110.0541-0.1146-0.00560.30210.0450.04830.2631-0.03830.06520.17430.02910.299211.2205-1.845326.6152
105.7637-1.66590.95728.3407-0.57696.6187-0.3395-1.0170.381.31580.12010.0894-0.24290.06040.40630.5432-0.0550.04960.39870.05370.3371-1.0437-0.492760.037
113.6609-0.69590.34886.09830.32554.2157-0.2958-0.2166-0.29860.1094-0.195-0.22670.5493-0.02130.21320.4713-0.06630.19530.23170.05680.3068-1.1689-8.318953.8535
127.7238-2.2997-1.66185.2473-1.86768.5791-0.0516-0.74320.5847-0.4298-0.1571-1.0278-0.09661.7120.18570.5031-0.19190.00280.73540.11710.44959.6937-3.117955.5451
133.8829-0.65320.84289.24.30659.5618-0.5347-0.022-0.4151-10.106-0.14010.02230.9450.36120.5376-0.06370.11310.35920.07480.38268.223-9.248245.9968
142.685-0.7374-0.23810.19760.02813.8661-0.12490.3231-0.4096-0.2279-0.10870.1010.70770.17670.08020.5518-0.08070.15140.2726-0.07320.48930.1135-13.566439.8668
155.1148-1.8332-0.85696.88861.25024.9040.51231.03030.6001-1.0205-0.29920.3372-0.8577-1.3045-0.07160.57740.10220.0630.69040.10660.4514-13.07888.013835.3044
161.899-1.11060.75753.2016-1.66360.88960.3340.6113-0.9608-0.3192-0.31960.78440.8601-0.68680.15040.6037-0.25450.15280.6229-0.36280.7195-11.2365-15.45335.2644
173.5905-1.9592-0.63955.4724-1.33983.6104-0.21620.4972-0.10570.4244-0.03510.79760.1343-1.06840.20050.3456-0.08710.120.4943-0.10130.513-14.4777-0.608945.9558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 242 through 249 )D242 - 249
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 45 )A14 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 73 )A46 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 153 )A74 - 153
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 154 through 249 )A154 - 249
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 95 )B12 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 96 through 247 )B96 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 12 through 95 )C12 - 95
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 96 through 248 )C96 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 13 through 32 )D13 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 33 through 53 )D33 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 54 through 84 )D54 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 85 through 95 )D85 - 95
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 96 through 117 )D96 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 118 through 153 )D118 - 153
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 154 through 182 )D154 - 182
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 183 through 241 )D183 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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