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Yorodumi- PDB-6y0w: Fucosylated antimicrobial linear peptide cFucRH46D in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y0w | ||||||
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Title | Fucosylated antimicrobial linear peptide cFucRH46D in complex with the fucose binding lectin LecB from Pseudomonas aeruginosa at 2.1 Angstrom resolution | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIBIOTIC / Antimicrobial / Linear / Lectin | ||||||
Function / homology | Function and homology information single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.06 Å | ||||||
Authors | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Fucosylated antimicrobial linear peptide cFucRH46D in complex with the fucose binding lectin LecB from Pseudomonas aeruginosa at 2.1 Angstrom resolution Authors: Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y0w.cif.gz | 118.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y0w.ent.gz | 91.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6y0w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6y0w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6y0w_validation.xml.gz | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6y0w_validation.cif.gz | 18.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1oxcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11865.905 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: Polypeptide(D) | Mass: 1691.113 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Fucosylated linear antimicrobial peptide cFucRH46D / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25% w/v Polyethylene glycol 1,500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.03679 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03679 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→44.847 Å / Num. obs: 24853 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.9 % / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 10.6 / Net I/σ(I): 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1OXC Resolution: 2.06→44.847 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / Phase error: 24.95
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 143.18 Å2 / Biso mean: 54.0855 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.06→44.847 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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