PDB-6y0s: X-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0s

タイトル

X-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase mutant T102E

要素

R-specific alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nucleotide Binding Oxidoreductase Activity

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Hermann, J. / Bischoff, D. / Janowski, R. / Niessing, D. / Grob, P. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol J / 年: 2020
タイトル: Crystal Contact Engineering Enables Efficient Capture and Purification of an Oxidoreductase by Technical Crystallization.
著者: Grob, P. / Huber, M. / Walla, B. / Hermann, J. / Janowski, R. / Niessing, D. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0s.cif.gz	382 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y15C 6y1bC 6h07S 6h1m 6hlf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h1m-1 6y15-1 6y10-1 4rf4-1 1zk3-2 4rf5-1 6hlf-1 4rf3-1 6f9q-d 1zjz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: R-specific alcohol dehydrogenase

BBB: R-specific alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: R-specific alcohol dehydrogenase

BBB: R-specific alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

AAA: R-specific alcohol dehydrogenase

BBB: R-specific alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.620, 81.150, 115.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-607- HOH
2	1	BBB-622- HOH

#1: タンパク質	R-specific alcohol dehydrogenase 分子量: 27902.381 Da / 分子数: 2 / 変異: T102E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア) 遺伝子: radh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein solution ( 10 g/L LbADH , 20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 1 mM MgCl2 and precipitation buffer (100 mM Tris/HCl pH 7.0, 50 mM MgCl2 and 100 g/L PEG 550 MME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→47.068 Å / Num. obs: 94960 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 16.16
反射シェル	解像度: 1.44→1.47 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 6977 / CC_1/2: 0.683 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
XSCALE	Mar 15, 2019	データスケーリング
PHASES	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6h07

6h07

解像度: 1.44→47.068 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / WR_factor R_free: 0.156 / WR_factor R_work: 0.12 / SU B: 2.616 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.9319 / Average fsc work: 0.9444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1684	4748	5 %
R_work	0.1297	90211	-
all	0.132	-	-
obs	-	94959	99.633 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.55 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.523 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→47.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3746	0	9	772	4527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	1.637	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.411	1.581	8740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.474	5	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.009	24.076	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.379	15	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.928	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	3600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	1.444	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.043	1.444	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.363	2.173	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.362	2.173	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.384	1.67	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.385	1.671	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.697	2.426	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.697	2.426	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.561	20.42	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.772	18.744	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.769	3	7786

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.44-1.477	0.28	348	0.261	6620	0.262	6979	0.817	0.827	99.8424	0.245
1.477-1.518	0.245	338	0.205	6417	0.207	6781	0.882	0.891	99.6166	0.189
1.518-1.562	0.215	331	0.183	6290	0.184	6636	0.909	0.919	99.774	0.162
1.562-1.61	0.223	318	0.157	6055	0.161	6374	0.919	0.938	99.9843	0.137
1.61-1.663	0.203	312	0.145	5924	0.148	6237	0.931	0.949	99.984	0.125
1.663-1.721	0.181	301	0.129	5723	0.131	6025	0.949	0.961	99.9834	0.107
1.721-1.786	0.175	292	0.118	5542	0.121	5835	0.957	0.966	99.9829	0.097
1.786-1.858	0.167	281	0.114	5344	0.117	5628	0.959	0.968	99.9467	0.093
1.858-1.941	0.25	259	0.197	4912	0.2	5346	0.823	0.886	96.7265	0.164
1.941-2.036	0.16	258	0.118	4912	0.12	5174	0.955	0.962	99.9227	0.1
2.036-2.145	0.162	246	0.106	4669	0.108	4924	0.969	0.981	99.8172	0.092
2.145-2.275	0.148	229	0.115	4344	0.117	4640	0.966	0.973	98.556	0.098
2.275-2.432	0.147	219	0.094	4172	0.096	4405	0.973	0.981	99.6822	0.083
2.432-2.626	0.143	205	0.094	3896	0.096	4103	0.978	0.984	99.9513	0.086
2.626-2.876	0.135	189	0.1	3588	0.102	3779	0.979	0.982	99.9471	0.095
2.876-3.214	0.155	173	0.113	3289	0.115	3463	0.971	0.98	99.9711	0.113
3.214-3.708	0.159	153	0.126	2905	0.128	3060	0.975	0.98	99.9346	0.131
3.708-4.535	0.119	130	0.115	2469	0.115	2602	0.985	0.983	99.8847	0.127
4.535-6.383	0.146	104	0.139	1968	0.139	2075	0.982	0.985	99.8554	0.159
6.383-47.068	0.228	62	0.173	1173	0.176	1240	0.95	0.964	99.5968	0.214

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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