PDB-6y0p: isopenicillin N synthase in complex with IPN and Fe using FT-SSX ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0p

タイトル

isopenicillin N synthase in complex with IPN and Fe using FT-SSX methods

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron dependent dioxygenase / DNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0p.cif.gz	239.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0p.ent.gz	161.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y0p_validation.pdf.gz	366.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y0p_full_validation.pdf.gz	366.9 KB	表示
XML形式データ	6y0p_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	6y0p_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zaeC 6zafC 6zagC 6zahC 6zaiC 6zajC 6zalC 6zamC 6zanC 6zaoC 6zapC 6zaqC 6zw8C 1blzS 1bko S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bb3-d 2y60-d 1w03-d 1bk0-d 1qiq-d 2vbd-d 1hb1-d 1w05-d 3zku-d 1qjf-d 1sb9-d 2vbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.766, 75.231, 101.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pJB703 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IP1 / ISOPENICILLIN N / イソペニシリンN 分子量: 359.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 % / 解説: needles
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH8.5 / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→60.51 Å / Num. obs: 23046 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 59.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.3659782408 Å² / CC_1/2: 0.953 / R split: 0.209 / Net I/σ(I): 27.497
反射シェル	解像度: 1.98→2.014 Å / 冗長度: 8.13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.859 / Num. unique obs: 1099 / CC_1/2: 0.231 / R split: 0.763 / % possible all: 99.73
Serial crystallography measurement	Collimation: KB mirrors / Source size: 49 µm²
Serial crystallography sample delivery	解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Fixed Target chip

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
GDA		データ収集
DIALS	1.8	データ削減
DIALS	1.8	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1blz

1blz

解像度: 1.98→60.51 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	2000	8.692 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.191	23010	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.062 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→60.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	0	30	112	2704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.619	3695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.189	1591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.03	0.31	136	0.3	1427	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.03-2.08	0.35	143	0.27	1492	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.08-2.15	0.33	139	0.26	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.26	141	0.24	1480	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.22-2.29	0.29	140	0.23	1476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.23	141	0.22	1480	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.39-2.49	0.24	142	0.21	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.63	0.23	142	0.21	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.79	0.24	143	0.2	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.01	0.25	142	0.2	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.31	0.24	144	0.18	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.79	0.18	145	0.16	1530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.77	0.17	147	0.13	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.77-60.5	0.17	155	0.17	1632	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0096738345	0.575400130426	-0.0258150473745	7.02794770946	2.75827551437	3.22450568503	0.0524621559098	0.0798361942688	0.126530169277	-0.470284513968	-0.160140075399	0.537414807732	-0.215433186712	-0.362238832047	0.0385713944689	0.126073315477	0.0320029397924	-0.0135444265352	0.217661016668	0.0390888032037	0.17551032108	43.6589880202	80.165960995	-11.9046012568
2	1.75144127259	-0.24641883582	-1.09710588144	0.572573249963	-0.249255685296	2.60174249581	0.00741333746761	0.206187909858	0.0299544222319	-0.163720163665	-0.0341505814711	0.0023051531974	0.0627533150888	-0.206364508734	0.016991674586	0.169790271867	-0.00849654768393	-0.00941216997361	0.175909828612	0.0147274624614	0.166781045447	46.6267891808	77.6831285821	-13.4404124242
3	0.700434841861	0.222383311311	0.911724812303	1.12301384257	0.0426526174581	3.58727671597	0.0136780228315	-0.285724789539	-0.161120769495	0.182351830279	0.129713074783	0.136409847734	0.259920282951	-0.300568577085	-0.146023571137	0.231402669976	0.00188756866571	0.0271884905952	0.231603737859	0.0133957317125	0.204287377545	47.1392717275	69.1854986267	18.2418083594
4	1.59196318975	-0.176620405578	0.080924202513	1.98248192015	0.0183750291484	2.18476349223	0.0375168580193	-0.164825494271	-0.176432223662	0.066679771051	0.0105636262516	0.0566940149445	0.488056431255	-0.0198094805262	-0.017608076643	0.313742106919	-0.00116969325727	-0.0200183245725	0.171833458673	0.0465097493864	0.172790260959	52.3931978487	64.5039036544	13.7203985189
5	1.21791826952	0.336215787811	-0.958269692722	1.44578233822	-1.21492119445	5.22688692524	-0.0220855922875	0.0873736359555	-0.23100864556	0.0653371995622	0.0413397318021	-0.00198905997124	0.606814740578	-0.268912099128	-0.0611868622739	0.273257062854	-0.016923744059	-0.0451204872925	0.174751546698	0.00371193555528	0.219247368302	47.2661528986	65.9296438009	-2.53791834119
6	1.23440224405	-0.0539225965585	-0.469716537621	1.36531356643	0.13477604196	2.9253641099	0.0395408484727	-0.0506226840324	0.0874429084356	0.023988991455	0.0332993753262	-0.0132204364804	0.0391787395735	0.160924179938	-0.0743906594442	0.114727901221	-0.0025538079405	-0.0115927132702	0.156030870723	0.00553080197301	0.166016885527	52.3048183193	80.6075449184	0.85960535488
7	1.34377638104	0.106662958197	-0.192568768481	1.65024682132	0.0203049146446	2.65090059741	0.0662954804217	-0.0651277397238	-0.0691502189047	-0.0234666385485	-0.0717669044249	0.0617530349892	0.0399642121026	0.146564196461	-0.0512937903716	0.105992343037	0.0132400590516	-0.00904982710131	0.145342537247	0.0106272731255	0.110418057161	52.1400784186	77.5400400288	4.02113361414
8	1.74846056904	-0.690758206657	1.04013747772	2.32899288849	-1.02374855258	2.15688766969	0.000864488101682	0.318010873539	0.245624312043	-0.381400319991	-0.200376292188	-0.461150717393	0.224720313485	1.26443317249	0.110033373679	0.280515628636	0.0423680546313	0.0506523093151	0.537702611621	0.0409390132389	0.272387224023	69.7392766673	77.2071173556	-14.2728950525
9	1.38435236708	-0.102889643115	-0.376328674433	2.25123890492	0.816263782844	2.64810397592	-0.119765708465	-0.154746399078	0.0670054517115	0.509610803443	0.0149412320703	0.0969440697907	-0.0146074962197	0.380631365959	0.0735566869605	0.295954262166	0.0535762337557	-0.0158995796063	0.381113983199	0.0370363967274	0.325060184579	63.1645119766	76.9429401583	8.56335836345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 164 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 295 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 296 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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