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- PDB-6y0o: isopenicillin N synthase in complex with ACV and Fe under anaerob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y0o
タイトルisopenicillin N synthase in complex with ACV and Fe under anaerobic environment using FT-SSX methods
要素Anaerobic Fixed Target Structure of Isopenicillin N synthase in complex with Fe and ACV
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron dependent oxygenase / penicillin biosynthesis / isopenicillin N
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, A.S. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. / Orville, A.M. / Owen, R. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N002679/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/S50676X/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography.
著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / ...著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. / Owen, R.L.
履歴
登録2020年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic Fixed Target Structure of Isopenicillin N synthase in complex with Fe and ACV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1755
ポリマ－37,5641
非ポリマー6114
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.889, 75.797, 102.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Anaerobic Fixed Target Structure of Isopenicillin N synthase in complex with Fe and ACV


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ipnA (ips) / プラスミド: PJB703 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % / 解説: needles
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月9日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→60.85 Å / Num. obs: 16880 / % possible obs: 97.71 % / 冗長度: 130.22 % / Biso Wilson estimate: 24.7373704023 Å2 / CC1/2: 0.959 / R split: 0.235 / Net I/σ(I): 15.02
反射 シェル解像度: 2.2→2.238 Å / 冗長度: 7.96 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 600 / CC1/2: 0.176 / R split: 1.004 / % possible all: 99.75
Serial crystallography measurementCollimation: KB mirrors / Source size: 49 µm2
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Anaerobic / Sample holding: thin film mylar sandwich

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
GDAデータ収集
DIALS1.8データ削減
DIALS1.8データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1blz

1blz


解像度: 2.2→60.85 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 833 4.973 %
Rwork0.209 --
obs0.211 16749 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2584 0 35 112 2731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00242724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4790950880913720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424090301173392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00289414633692491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.472338183241602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.340.361200.322373X-RAY DIFFRACTION88.94
2.34-2.520.351360.312578X-RAY DIFFRACTION97.28
2.52-2.770.371410.282685X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-3.170.281420.232694X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.171430.172718X-RAY DIFFRACTION100
4-60.840.191510.142868X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.020859056281.21016527881.199170773895.78800766854.805198862368.164688881770.00399149779435-0.1916088466550.04590513333830.3406050658860.05197204938790.00594515895930.066445936325-0.211059452933-0.01791891633290.145386680612-0.006745409317070.01847611501790.1769424547610.05395004749510.153115025385-16.0805085059-3.4929183705815.2441332072
22.0020927240.305929787965-1.294631616360.293289488495-0.8116000459015.278522022710.1462837192710.2353304911350.194024115539-0.2128196419730.07481616352480.151641335215-0.245076849751-0.397877541268-0.2091923569190.2615818009970.00627840322728-0.04521273836490.100797988144-0.01626323380640.212271391566-18.04150090962.93284671202-11.0099538336
31.703357646690.8250526405940.08821977412212.72444172953-0.04864695823882.49187421854-0.005944701164630.2855743763480.13320087127-0.2124851128310.0673777173652-0.0748943769975-0.5466507566330.0255980829102-0.01862996117150.268605135398-0.0126767266430.02800392403220.1977043754760.05405151720840.156590799051-9.6018257867510.1275415531-14.2855743029
41.32957609729-0.5760546428060.3647197290432.08586445101-1.901133229794.883912864480.0432453836866-0.04060055387430.06100659143450.04909858074540.08977384318290.0305073429262-0.6619484515770.129549143322-0.04176876030070.2716681195530.003849484582260.0235256062280.123712462792-0.01625614385950.1635070031-11.02424667419.569805281465.23634764395
51.66123695210.1995772963420.4067446129322.260641578860.5923762483973.41696280371-0.0108478084209-0.0292005754956-0.106416411901-0.03947911337970.03325010803870.0751099785540.0459585445813-0.00329068521137-0.02324060706640.113218744036-0.002161747006730.01316835746460.1450853205560.01733086197580.1329711102-11.4843033124-9.30939744241-3.32297550847
61.369804151470.6772093100760.5529984620152.914061738461.657585777553.79235611002-0.09734313693480.171834210884-0.0208186860448-0.09897178683820.008003376118290.2697022815590.161666855092-0.244073416050.1355087087750.1474321999510.01571466339880.006859041416120.1976016201690.008410713459050.166877240179-16.1561575555-7.54570603302-7.73901317199
71.577308171371.00391911797-2.23128405942.17788199945-1.85688699043.292163266750.173224593085-0.3384270452-0.08597182525310.445874533408-0.236135577117-0.158358440943-0.468264856311.639394090390.337912283320.330615740009-0.0939865889048-0.07315955008610.5162642224610.005469679995340.2156055270515.518570421452.683781771489.88738212503
85.207909955922.757721373133.754889639598.315462642235.781096805326.20831159152-0.3022610524190.4687030570640.191819150078-0.5218677326850.328835121687-0.180925374271-0.2776990983881.19722908921-0.09419023148750.164835322227-0.0281009773719-0.003888840969620.3208971136180.06785924446230.2015900688221.01089231755-0.991764614219-8.46146638686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 269 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 270 through 286 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 287 through 312 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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