PDB-6y0b: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0b

タイトル

Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with quinazolin-4-amine and PKI (5-24)

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based drug design - Small chemical changes of fragments effecting big changes in binding
著者: Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0b.cif.gz	206 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0b.ent.gz	135.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6y0b_validation.pdf.gz	732.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y0b_full_validation.pdf.gz	733.5 KB	表示
XML形式データ	6y0b_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	6y0b_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f14SC 6y05C 6y2oC 6y2uC 6y89C 6yotC 6youC 7axtC 7axvC 7axwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n36-d 6i2h-d 5ybi-1 5n3e-d 5lcu-d 7jhk-1 6yqj-d 5n1n-d 3soc-2 3g2f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: provided by PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.066, 73.097, 107.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first aminoacid (G) is numbered as -2 -> Therefore Methionine is number 0. The last aminoacid is number 350. 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248
#3: 化合物	ChemComp-1LQ / quinazolin-4-amine / キナゾリン-4-アミン分子量: 145.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 Mega 8, 10mM quinazolin-4-amine in DMSO, 0.5 mM PKI (5-24) and 22 % methanol (v/v)0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→45.47 Å / Num. obs: 51100 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.67
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / Num. unique obs: 6824 / R_sym value: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
Coot	0.89	モデル構築
PHENIX	1.16	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.71→45.47 Å / SU ML: 0.1746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.1265

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	2296	5 %
R_work	0.1793	-	-
obs	0.1809	45904	91.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2916	0	15	333	3264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809	4184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1021	1825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.75	0.2551	108	0.2246	2044	X-RAY DIFFRACTION	70.19
1.75-1.79	0.285	127	0.2213	2413	X-RAY DIFFRACTION	82.76
1.79-1.84	0.2867	128	0.2111	2437	X-RAY DIFFRACTION	82.77
1.84-1.89	0.2785	124	0.2069	2355	X-RAY DIFFRACTION	80.62
1.89-1.94	0.2371	132	0.1999	2508	X-RAY DIFFRACTION	85.08
1.94-2	0.2238	140	0.2004	2654	X-RAY DIFFRACTION	90.33
2-2.08	0.2342	142	0.1952	2699	X-RAY DIFFRACTION	91.56
2.08-2.16	0.2294	147	0.1913	2796	X-RAY DIFFRACTION	95.49
2.16-2.26	0.2399	149	0.187	2840	X-RAY DIFFRACTION	96.3
2.26-2.38	0.2299	151	0.1913	2873	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.38-2.52	0.2306	155	0.191	2936	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.52-2.72	0.2166	155	0.1938	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.72-2.99	0.2288	157	0.1883	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.99-3.43	0.2051	157	0.1755	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.43-4.32	0.1815	159	0.1487	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.19
4.32-45.47	0.1692	165	0.1596	3130	X-RAY DIFFRACTION	98.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.77994561388	-1.59375650498	-3.15979075485	1.96914058727	1.29300909873	5.58764074634	0.307971461941	0.579219224156	0.251615084976	-0.254048486947	-0.18969618855	-0.00312073670328	-0.474669224249	-0.135770927149	-0.124923326159	0.180995393038	0.0271949983875	-0.0244431614247	0.195336613688	0.048318916508	0.24249464556	-9.15766876465	-8.91434955155	0.984226429263
2	0.994375446638	0.173496459704	-1.18093483364	7.55308224701	-0.897075841995	3.75040694381	0.0589551905407	-0.162116082086	0.488980580881	0.313019703296	0.0915288445754	0.186761094636	-0.0049168863968	-0.13546974007	-0.091066072284	0.205528160184	0.034307396852	0.00595733055284	0.332194026689	0.0469621915473	0.432467567488	-25.8769368298	-23.9355026762	29.854867715
3	2.77104892085	2.38113865189	-0.819016251553	5.01595371117	0.404356332783	3.51845057623	0.25065819096	-0.402073454934	-0.0218696037108	0.656992663975	-0.08560182379	-0.213290991632	-0.00726223974051	0.167056772467	-0.16747599191	0.188969432492	0.0223774242146	0.0173383979577	0.258610419758	-0.0204502900618	0.209927747228	-17.1387567819	-13.6921214508	31.5288467697
4	0.882281744762	0.01012028472	0.0565217260574	1.17574771234	-0.0464830594577	0.601383896229	0.023847037704	-0.0857246677845	-0.0628052050593	0.0799802197363	-0.0137644865808	0.159777641556	0.0233869895365	-0.107707340561	0.0076269756528	0.110514389301	-0.0184338235887	0.00501753898266	0.135633565529	0.00430517403067	0.116282950333	-10.6850959872	-22.4713932239	19.0322378982
5	4.05458150399	3.12527307526	2.74198294258	4.83146730286	3.04856915303	4.04461284122	-0.040398856865	-0.117418727141	0.276681328293	0.109814119641	-0.0537535936637	0.375923153688	-0.263385960408	-0.170187352997	0.0432562136364	0.188221357787	0.0331418101941	-0.00335188120496	0.161436816694	-0.0504522619972	0.161870052987	-5.87044163599	-9.66504718447	22.9773917311
6	1.14605416814	-0.443392366006	0.0295497743838	2.43407402913	0.152689456915	1.67586180821	-0.0135074214849	-0.0530038451009	0.100751388248	0.178659238555	-0.0192913355256	-0.303055719458	-0.0661435547022	0.110204162795	0.0236645023025	0.0912325835317	-0.0133594219292	-0.0157900951794	0.117849978012	0.00527448061995	0.125532452487	8.64513160169	-19.4159615199	20.3383707263
7	3.30227016634	0.577687076471	0.87503835715	2.11123177683	0.495212151871	2.25596032256	0.00802166096977	0.297378324837	0.0501806271409	-0.0837800970698	-0.0141372468749	-0.0340637779602	-0.089757441911	0.0987169490977	0.0348553286197	0.13281679137	0.0156069256144	0.000831139217753	0.0954575286156	0.00580981878811	0.103263236475	-0.0636612974993	-18.6361720082	6.40618145851
8	3.53009296667	-2.49727551021	-2.77324888552	7.06848679019	3.65484580213	4.13011154132	-0.0554460981544	-0.609924930274	-0.0514321094968	0.77910593002	0.0451976627862	-0.0108170815161	0.433720105376	0.246141306879	0.0333360487068	0.245199403696	-0.0326612576319	-0.0414548062176	0.426347565437	0.00990460079859	0.289768982104	-20.4671243552	-22.5579399796	34.5394723652
9	5.94963172262	-1.41274963053	2.62919912464	5.0182327503	4.81454513106	8.29923230436	0.0723879256908	-0.0339493861087	-0.222702602802	0.271360968243	0.0617672691356	-0.273826521821	0.208472055083	0.215610869898	-0.113958284116	0.179984210724	0.0184462946223	0.00478176701882	0.18617568364	0.0637032505643	0.180229836276	11.9020353676	-33.7036150713	26.6881976913
10	9.08528582055	-2.41888289146	-0.248089948387	2.78481195044	-0.358037648516	6.34739411001	0.158307669793	-0.50904205225	0.0438883432901	0.542604922528	-0.0175533860902	-0.000386299698201	-0.0470071522007	0.0343495558452	-0.159163565141	0.208957013415	-0.0143918357284	0.00711558371204	0.161306175596	0.0453333539753	0.1073894168	0.852904588462	-24.2179104794	31.4857060888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 198 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 273 through 316 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 5 through 13 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 14 through 23 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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