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- PDB-6xzm: Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8 mutant D96N D107N W285A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzm
タイトルArabidopsis UV-B photoreceptor UVR8 mutant D96N D107N W285A
要素Ultraviolet-B receptor UVR8
キーワードPLANT PROTEIN / UVB / photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.10009315021 Å
データ登録者Lau, K. / Hothorn, M.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_175774 スイス
European Research Council (ERC)310539 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A constitutively monomeric UVR8 photoreceptor confers enhanced UV-B photomorphogenesis.
著者: Podolec, R. / Lau, K. / Wagnon, T.B. / Hothorn, M. / Ulm, R.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ultraviolet-B receptor UVR8
B: Ultraviolet-B receptor UVR8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,90410
ポリマ－80,1872
非ポリマー7178
水1,35175
1
A: Ultraviolet-B receptor UVR8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3244
ポリマ－40,0941
非ポリマー2303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ultraviolet-B receptor UVR8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5806
ポリマ－40,0941
非ポリマー4865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.266, 98.266, 138.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8


分子量: 40093.723 Da / 分子数: 2 / 変異: D96N D107N W285A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UVR8, At5g63860, MGI19.7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9FN03
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG3350, 0.2M NaNO3, 5mg/mL. 20% PEG400 cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.13 Å / Num. obs: 45831 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 42.1418773177 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 4521 / CC1/2: 0.483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D9S

4d9s


解像度: 2.10009315021→49.13 Å / SU ML: 0.289283250111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33648739498 / 位相誤差: 30.6166883102
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248131330672 2200 4.80192076831 %
Rwork0.197002582858 --
obs0.199549219029 45815 99.9650891318 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.3098685346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10009315021→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5492 0 47 75 5614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110078115955667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.140695702137677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636319687915814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007121874003251008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.73911302943216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.14580.3895131481651290.3463467622832684X-RAY DIFFRACTION99.9644633973
2.1458-2.19570.3488687923211460.3189839123522666X-RAY DIFFRACTION99.9644507643
2.1957-2.25060.3410332527651330.2893775161892710X-RAY DIFFRACTION100
2.2506-2.31140.3571061706721590.2753156864992646X-RAY DIFFRACTION99.9643620813
2.3114-2.37940.2564203980591020.2624146956152754X-RAY DIFFRACTION99.9649982499
2.3794-2.45620.3336666856611440.2440762548392701X-RAY DIFFRACTION99.8595998596
2.4562-2.5440.3001557970491440.2261418918912673X-RAY DIFFRACTION100
2.544-2.64590.3002657542211260.2246067833642733X-RAY DIFFRACTION99.965034965
2.6459-2.76630.288783890811190.2242346668192686X-RAY DIFFRACTION100
2.7663-2.91210.3023135924231340.2274252542392723X-RAY DIFFRACTION100
2.9121-3.09450.302367295441460.2282112463322752X-RAY DIFFRACTION100
3.0945-3.33340.231278573241330.2235876754252716X-RAY DIFFRACTION99.9649122807
3.3334-3.66880.2599327315941480.1914778997912723X-RAY DIFFRACTION100
3.6688-4.19940.2055168898251460.1526849446652742X-RAY DIFFRACTION100
4.1994-5.28980.1718439627311210.1405108367252826X-RAY DIFFRACTION100
5.2898-49.130.22107295861700.1719714517172880X-RAY DIFFRACTION99.8363338789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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