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万見
- PDB-6xzc: CryoEM structure of the ring-shaped virulence factor EspB from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzc
タイトルCryoEM structure of the ring-shaped virulence factor EspB from Mycobacterium tuberculosis
要素ESX-1 secretion-associated protein EspB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / M. tuberculosis / ESX-1 / Type VII secretion system / EspB / Rv3881c / EsxA / CFP10 / ESAT-6
機能・相同性ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Piton, J. / Pojer, F. / Wakatsuki, S. / Gati, C. / Cole, S.T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_162641 スイス
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: High resolution CryoEM structure of the ring-shaped virulence factor EspB from .
著者: Jérémie Piton / Florence Pojer / Soichi Wakatsuki / Cornelius Gati / Stewart T Cole /
要旨: The EspB protein of is a 60 kDa virulence factor, implicated in conjugation and exported by the ESX-1 system of which it may also be a component. Previous attempts to obtain high-resolution maps of ...The EspB protein of is a 60 kDa virulence factor, implicated in conjugation and exported by the ESX-1 system of which it may also be a component. Previous attempts to obtain high-resolution maps of EspB by cryo-electron microscopic examination of single particles have been thwarted by severe orientation bias of the particles. This was overcome by using detergent as a surfactant thereby allowing reconstruction of the EspB structure at 3.37 Å resolution. The final structure revealed the N-terminal domain of EspB to be organized as a cylindrical heptamer with dimensions of 90 Å x 90 Å and a central channel of 45 Å diameter whereas the C-terminal domain was unstructured. New atomic insight was obtained into the helical packing required for protomer interactions and the overall electrostatic potential. The external surface is electronegatively charged while the channel is lined with electropositive patches. EspB thus has many features of a pore-like transport protein that might allow the passage of an ESX-1 substrate such as the 35 Å diameter EsxA-EsxB heterodimer or B-form DNA consistent with its proposed role in DNA uptake.
履歴
登録2020年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10658
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated protein EspB
B: ESX-1 secretion-associated protein EspB
C: ESX-1 secretion-associated protein EspB
D: ESX-1 secretion-associated protein EspB
E: ESX-1 secretion-associated protein EspB
F: ESX-1 secretion-associated protein EspB
G: ESX-1 secretion-associated protein EspB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,4637
ポリマ－333,4637
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, EspB was observed as heptamer previously (Solomonson et al., Structure 2015)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area11660 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area82870 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
ESX-1 secretion-associated protein EspB / Antigen MTB48


分子量: 47637.527 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJD9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EspB Heptameric complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.329 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodiperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: 0.05% fluorinated octylmaltoside was add into protein solution and immediately applied to a freshly glow-discharged holey carbon grid. ). Excess liquid was blotted for 2.3 s using an FEI ...詳細: 0.05% fluorinated octylmaltoside was add into protein solution and immediately applied to a freshly glow-discharged holey carbon grid. ). Excess liquid was blotted for 2.3 s using an FEI Vitrobot Mark IV and the sample was plunge frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2600
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.17モデル精密化
10cryoSPARC2初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 292964
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143350 / クラス平均像の数: 50 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4XXX

4xxx


PDB chain-ID: A / Accession code: 4XXX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58518494
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.4975145
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381988
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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