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- PDB-6xz8: Structure of aldosterone synthase (CYP11B2) in complex with N-[(1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xz8
タイトルStructure of aldosterone synthase (CYP11B2) in complex with N-[(1R)-1-[5-(6-chloro-1,1-dimethyl-3-oxo-isoindolin-2-yl)-3-pyridyl]ethyl]methanesulfonamide
要素Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / CYP11B2 / ALDOSTERONE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / mineralocorticoid biosynthetic process / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / mineralocorticoid biosynthetic process / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / potassium ion homeostasis / renal water homeostasis / cellular response to peptide hormone stimulus / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-O4T / Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Joseph, C. / Benz, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 3-Pyridyl Isoindolin-1-one Derivatives as Potent, Selective, and Orally Active Aldosterone Synthase (CYP11B2) Inhibitors.
著者: Liu, Y. / Wu, J. / Zhou, M. / Chen, W. / Li, D. / Wang, Z. / Hornsperger, B. / Aebi, J.D. / Marki, H.P. / Kuhn, B. / Wang, L. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Muller, S. / Hochstrasser, R. / ...著者: Liu, Y. / Wu, J. / Zhou, M. / Chen, W. / Li, D. / Wang, Z. / Hornsperger, B. / Aebi, J.D. / Marki, H.P. / Kuhn, B. / Wang, L. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Muller, S. / Hochstrasser, R. / Ottaviani, G. / Xin, J. / Kirchner, S. / Mohr, S. / Verry, P. / Riboulet, W. / Shen, H.C. / Mayweg, A.V. / Amrein, K. / Tan, X.
履歴
登録2020年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7649
ポリマ－168,7273
非ポリマー3,0376
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area54940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.323, 121.730, 298.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 11B2, mitochondrial / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Corticosterone 18- ...Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Corticosterone 18-monooxygenase / CYP11B2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 11-beta-hydroxylase / Steroid 18-hydroxylase


分子量: 56242.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19099, corticosterone 18-monooxygenase, steroid 11beta-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-O4T / ~{N}-[(1~{R})-1-[5-(6-chloranyl-1,1-dimethyl-3-oxidanylidene-isoindol-2-yl)pyridin-3-yl]ethyl]methanesulfonamide


分子量: 393.888 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20ClN3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG3350, 0.09M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.17 Å / Num. obs: 39576 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 80.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rsym value: 0.249 / Net I/σ(I): 6.48
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5710 / Rpim(I) all: 0.654 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished in-house structure

解像度: 3→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.349
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1983 5.02 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 39522 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 155.94 Å2 / Biso mean: 65.57 Å2 / Biso min: 23.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.1275 Å20 Å20 Å2
2---22.7256 Å20 Å2
3---2.598 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11391 0 207 62 11660
Biso mean--53.19 40.13 -
残基数----1404
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4075SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2006HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11927HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1446SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13755SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11927HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16242HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.68
LS精密化 シェル解像度: 3→3.02 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 47 5.94 %
Rwork0.2673 744 -
all-791 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6493-0.0618-0.43440.43850.17461.4948-0.0138-0.17280.02770.0363-0.0261-0.0705-0.01670.10260.03990.0238-0.02270.0064-0.04650.1190.0867-8.295230.50772.1081
21.4967-0.23710.05040.67180.00721.69620.08080.13480.0427-0.051-0.06980.0431-0.2051-0.143-0.0110.06630.0153-0.0241-0.0673-0.02930.0741-30.582134.861623.6356
31.98180.1420.35220.6191-0.08781.6502-0.07090.2512-0.1431-0.07640.10130.0279-0.05010.3008-0.03040.09050.02390.002-0.0261-0.03820.126321.450824.686327.9624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - A|503 D|1 L|1 }A34 - 503
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - A|503 D|1 L|1 }D1
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - A|503 D|1 L|1 }L1
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|32 - B|504 D|2 L|2 }B32 - 504
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|32 - B|504 D|2 L|2 }D2
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|32 - B|504 D|2 L|2 }L2
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|34 - C|503 D|3 L|3 }C34 - 503
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|34 - C|503 D|3 L|3 }D3
9X-RAY DIFFRACTION3{ C|34 - C|503 D|3 L|3 }L3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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