+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xz2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase mutant Y160W with SO4 and Formycin A | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / trimer of dimers / single tryptophan mutant / protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65000304482 Å | ||||||
データ登録者 | Narczyk, M. / Bzowska, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Single tryptophan Y160W mutant of homooligomeric E. coli purine nucleoside phosphorylase implies that dimers forming the hexamer are functionally not equivalent. 著者: Narczyk, M. / Mioduszewski, L. / Oksiejuk, A. / Winiewska-Szajewska, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Gojdz, A. / Ciesla, J. / Bzowska, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xz2.cif.gz | 185.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6xz2.ent.gz | 118.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xz2_validation.pdf.gz | 823.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6xz2_full_validation.pdf.gz | 827.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xz2_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xz2_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xz2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ecpS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25744.668 Da / 分子数: 3 / 変異: Y160W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: deoD, pup, b4384, JW4347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FMC / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 50 mM citrate buffer pH 5.2, 14 % ammonium sulphate (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0064 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→104.3 Å / Num. obs: 123021 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 22.4977063367 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 1.483 / Num. unique obs: 5869 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 1.507 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ecp 解像度: 1.65000304482→78.7072722459 Å / SU ML: 0.157720237261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35096088804 / 位相誤差: 18.312385071
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1661880984 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65000304482→78.7072722459 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|