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- PDB-6xz2: Crystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xz2
タイトルCrystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase mutant Y160W with SO4 and Formycin A
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / trimer of dimers / single tryptophan mutant / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FMC / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65000304482 Å
データ登録者Narczyk, M. / Bzowska, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Single tryptophan Y160W mutant of homooligomeric E. coli purine nucleoside phosphorylase implies that dimers forming the hexamer are functionally not equivalent.
著者: Narczyk, M. / Mioduszewski, L. / Oksiejuk, A. / Winiewska-Szajewska, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Gojdz, A. / Ciesla, J. / Bzowska, A.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7897
ポリマ－77,2343
非ポリマー5554
水5,477304
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,57914
ポリマ－154,4686
非ポリマー1,1118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area23650 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area46140 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.475, 120.475, 239.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-429-

HOH

31A-501-

HOH

41B-479-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 25744.668 Da / 分子数: 3 / 変異: Y160W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: deoD, pup, b4384, JW4347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMC / (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol / ホルマイシンA


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 50 mM citrate buffer pH 5.2, 14 % ammonium sulphate (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0064 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→104.3 Å / Num. obs: 123021 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 22.4977063367 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 1.483 / Num. unique obs: 5869 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 1.507

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ecp

1ecp


解像度: 1.65000304482→78.7072722459 Å / SU ML: 0.157720237261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35096088804 / 位相誤差: 18.312385071
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191874953474 6119 4.97779151685 %
Rwork0.179874338677 --
obs0.180478601074 122926 99.6562626672 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.1661880984 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65000304482→78.7072722459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5397 0 34 304 5735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005934448901235538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8155513382337474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058318116518850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00502542371946961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.573833728234533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.66880.2469680107412090.2244173166313708X-RAY DIFFRACTION97.3893585281
1.6688-1.68840.2602963004831860.218081690043832X-RAY DIFFRACTION99.1609081935
1.6884-1.7090.2036211282242050.198115731373819X-RAY DIFFRACTION99.431677786
1.709-1.73060.2194086895361930.2034426861523807X-RAY DIFFRACTION99.4530084535
1.7306-1.75340.2201376700952270.1869057763963815X-RAY DIFFRACTION99.2632612967
1.7534-1.77740.2246126215822110.1889346486283827X-RAY DIFFRACTION99.4581280788
1.7774-1.80280.1814127382161980.1826348821463833X-RAY DIFFRACTION99.4817374136
1.8028-1.82970.2162657387971780.1817464139033875X-RAY DIFFRACTION99.5578481945
1.8297-1.85830.2059484706121860.1781348174113847X-RAY DIFFRACTION99.6540647393
1.8583-1.88880.1994542557041990.1829525850063855X-RAY DIFFRACTION99.5824121837
1.8888-1.92130.2304035322232050.1855333845143825X-RAY DIFFRACTION99.6784565916
1.9213-1.95630.2271535773372100.1738510035833849X-RAY DIFFRACTION99.7297297297
1.9563-1.99390.198719316441970.1839217374633858X-RAY DIFFRACTION99.7294638465
1.9939-2.03460.210060612272110.1764621601953854X-RAY DIFFRACTION99.315905204
2.0346-2.07890.2026176293262080.1813134127043865X-RAY DIFFRACTION99.8284313725
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3.5547-4.06910.1873453131131990.1620000850324028X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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