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- PDB-6xys: Update of native acetylcholinesterase from Drosophila Melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xys
タイトルUpdate of native acetylcholinesterase from Drosophila Melanogaster
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / acetylcholinesterase / insect / catalytic / intermediates
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter clearance / Synthesis of PC / Aspirin ADME / choline catabolic process / sulfate binding / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...Neurotransmitter clearance / Synthesis of PC / Aspirin ADME / choline catabolic process / sulfate binding / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / chemical synaptic transmission / synapse / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, insect / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, insect / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Nachon, F. / Sussman, J.L.
引用
ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: A Second Look at the Crystal Structures ofDrosophila melanogasterAcetylcholinesterase in Complex with Tacrine Derivatives Provides Insights Concerning Catalytic Intermediates and the ...タイトル: A Second Look at the Crystal Structures ofDrosophila melanogasterAcetylcholinesterase in Complex with Tacrine Derivatives Provides Insights Concerning Catalytic Intermediates and the Design of Specific Insecticides.
著者: Nachon, F. / Rosenberry, T.L. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structures of Drosophila melanogaster acetylcholinesterase and of its complexes with two potent inhibitors.
著者: Harel, M. / Kryger, G. / Rosenberry, T.L. / Mallender, W.D. / Lewis, T. / Fletcher, R.J. / Guss, J.M. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年3月18日ID: 1QO9
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02021年5月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6604
ポリマ－64,6541
非ポリマー1,0053
水1,69394
1
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,4087
ポリマ－129,3092
非ポリマー1,1005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)94.620, 94.620, 159.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

CL

21A-708-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 64654.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ace, CG17907 / プラスミド: S2-SEC 1/3 / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER LINE 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P07140, acetylcholinesterase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 13% MPEG2000, 0.1 M ammonium sulfate, 0.03 M leucine, 0.1 M acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.455→34.18 Å / Num. obs: 26803 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 51.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0487 / Rpim(I) all: 0.0184 / Rrim(I) all: 0.0524 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.455→2.543 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2542 / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.1848 / Rrim(I) all: 0.387

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qo9

1qo9
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.46→34.18 Å / SU ML: 0.4415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.1301
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 1338 5 %
Rwork0.2293 --
obs0.2326 26738 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 79.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→34.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4282 0 0 94 4376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04446026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.68113561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.540.52331260.39942403X-RAY DIFFRACTION95.29
2.54-2.640.44091320.35262504X-RAY DIFFRACTION98.95
2.64-2.760.40931310.33572496X-RAY DIFFRACTION99.02
2.76-2.910.37191340.31612520X-RAY DIFFRACTION99.44
2.91-3.090.3961320.31232521X-RAY DIFFRACTION99.51
3.09-3.330.37371350.28852547X-RAY DIFFRACTION99.59
3.33-3.670.36411340.24692551X-RAY DIFFRACTION99.3
3.67-4.20.27271360.19712576X-RAY DIFFRACTION99.09
4.2-5.280.23171360.16462588X-RAY DIFFRACTION98.8
5.28-34.180.19281420.17362694X-RAY DIFFRACTION97.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64151116185-0.666181915276-0.2307802605462.330948456040.7658561246923.601367331040.4752793648350.3436233877280.167584132732-1.0062510972-0.0360081588838-0.327057577998-0.7755228262011.3245296951-0.1817921604820.763238669117-0.2579318013690.1958610884480.826567492311-0.07057365744070.54304512922326.683032170361.2623939448-7.588984906
22.00663512098-1.14916525731-0.2085349923193.107552874060.5012285140174.514304604450.166911856517-0.0664442315780.128459953861-0.5913727356080.0984358125310.0464663949946-0.8202220039590.844211271534-0.1299499486290.52044343716-0.1632981420380.05392842600180.401222932617-0.08846751367810.46513276992217.70859823161.63068268392.93633376248
31.9120780443-0.7358448390420.1495775172921.9024319294-0.003380079170333.29239754661-0.0454922297043-0.1074845646520.477149062359-0.338386788860.142345459761-0.217559337267-1.520118596740.837245057672-0.08400099814641.04311315059-0.3066593048820.1213161455970.469668827066-0.08268176954060.60049662066317.985427426573.06458792378.27113352555
41.26500677874-0.6170717640760.1477350615241.850585966750.5357447694422.13358492798-0.1498013854-0.1289309030710.2925947895780.04065250047910.514557869005-0.566408645716-0.6560602763961.19182160568-0.2970617091250.63749412634-0.2144509805820.06034351167021.194192492-0.2331374718880.66098445832832.833406539565.215907414922.7448846766
51.671830676430.169132249615-0.110662136361.128025519670.3134453039123.79798431371-0.261955237257-0.351274292507-0.1927325740370.1224182760840.346155792986-0.2167171203110.3684732266551.13074445701-0.2147982816720.3681287093230.1549095699350.03247347045940.979899932052-0.02347503800220.52143303117325.859078109951.385753283823.6717891522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 375 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 499 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 500 through 573 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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