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- PDB-6xyb: Crystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xyb
タイトルCrystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific protein from Trypanosoma cruzi
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Q4D6Q5 / Trypanosoma / neglected diseases
機能・相同性metal ion binding / IODIDE ION / : / Paraflagellar rod component
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Roske, Y. / Heinemann, U.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)99999.011648/2013-09 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Q4D6Q6, a conserved kinetoplastid-specific protein from Trypanosoma cruzi.
著者: D'Andrea, E.D. / Roske, Y. / Oliveira, G.A.P. / Cremer, N. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Pires, J.R.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,85710
ポリマ－53,4804
非ポリマー3776
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.701, 44.487, 69.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A7 - 38
2114B7 - 38
3114C7 - 38
4114D7 - 38
1214A53 - 67
2214B53 - 67
3214C53 - 67
4214D53 - 67
1314A72 - 118
2314B72 - 118
3314C72 - 118
4314D72 - 118

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.023277, 0.166414, -0.985781), (-0.115263, 0.979026, 0.167996), (0.993062, 0.117534, -0.003608)-31.92605, 1.11926, -2.42121
3given(0.037601, -0.106897, 0.993559), (0.136457, 0.985498, 0.100866), (-0.989932, 0.131785, 0.051643)2.81193, 3.61132, -30.19047
4given(-0.998824, 0.018568, 0.044792), (0.029487, 0.965924, 0.25714), (-0.038491, 0.258159, -0.965335)-28.29781, 4.67251, -33.838181

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 13370.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053511733.90 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D6Q6

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非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.2 M potassium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→34.71 Å / Num. obs: 70953 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 11262 / CC1/2: 0.642 / Rrim(I) all: 0.824 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.374 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 2721 5 %RANDOM
Rwork0.1433 ---
obs0.1454 51685 77.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.39 Å2 / Biso mean: 27.293 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å2-0 Å2-2.7 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 6 223 3537
Biso mean--12.89 36.83 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.6444685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5051.5747344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0415438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12921.486175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59215569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6661524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.93536603
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1265 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.560.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.680.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.560.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.80.5
1AMEDIUM THERMAL7.662
2BMEDIUM THERMAL13.722
3CMEDIUM THERMAL8.162
4DMEDIUM THERMAL82
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.506 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 201 -
Rwork0.197 3814 -
obs--77.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09740.03360.09540.09760.02510.11470.0036-0.00770.0019-0.0059-0.00760.00170.0045-0.01550.0040.00780.0008-0.00530.0081-0.00150.0042-28.1979-0.2187-25.3133
20.1235-0.0247-0.01530.02930.02660.036-0.0067-0.0307-0.01190.00610.00210.01010.006-0.01310.00460.01240.0010.00020.02450.00510.0076-22.2292-3.0202-3.6288
30.23030.0016-0.13270.09890.04660.2902-0.0010.0206-0.00060.0027-0.0013-0.0054-0.0028-0.00320.00220.0040.0008-0.00230.00750.00150.0022-6.73650.2541-31.4428
40.06920.01230.03840.04990.01150.02860.00220.0022-0.00290.0073-0-0.00130.00340.0092-0.00220.01030.0001-0.0050.00990.00030.0026-0.0092-2.1472-9.8701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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