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- PDB-6xy6: Structural insight into sheep-pox virus mediated inhibition of ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy6
タイトルStructural insight into sheep-pox virus mediated inhibition of apoptosis
要素
  • (anti-apoptotic membrane protein) x 2
  • Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / Pox virus / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell homeostatic proliferation / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / pore complex / hypothalamus development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / BH3 domain binding / vagina development / B cell homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of protein binding / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / Hsp70 protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / homeostasis of number of cells within a tissue / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / kidney development / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / neuron migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / nuclear envelope / positive regulation of neuron apoptotic process / retina development in camera-type eye / channel activity
類似検索 - 分子機能
Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-apoptotic membrane protein / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Sheeppox virus
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91414639113 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1007918 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the sheeppox virus encoded inhibitor of apoptosis SPPV14 bound to the proapoptotic BH3 peptides Hrk and Bax.
著者: Suraweera, C.D. / Burton, D.R. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: anti-apoptotic membrane protein
B: Apoptosis regulator BAX
C: anti-apoptotic membrane protein
D: Apoptosis regulator BAX
E: anti-apoptotic membrane protein
F: Apoptosis regulator BAX
G: anti-apoptotic membrane protein
H: Apoptosis regulator BAX
I: anti-apoptotic membrane protein
J: Apoptosis regulator BAX
K: anti-apoptotic membrane protein
L: Apoptosis regulator BAX
M: anti-apoptotic membrane protein
N: Apoptosis regulator BAX
O: anti-apoptotic membrane protein
P: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,56016
ポリマ－162,56016
非ポリマー00
水70339
1
A: anti-apoptotic membrane protein
B: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6292
ポリマ－20,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
2
C: anti-apoptotic membrane protein
D: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9070 Å2
手法PISA
3
E: anti-apoptotic membrane protein
F: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
4
G: anti-apoptotic membrane protein
H: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6292
ポリマ－20,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
5
I: anti-apoptotic membrane protein
J: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
6
K: anti-apoptotic membrane protein
L: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
7
M: anti-apoptotic membrane protein
N: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
8
O: anti-apoptotic membrane protein
P: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2172
ポリマ－20,2172
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.279, 78.560, 107.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.968, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
82

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111TYRTYRGLUGLU(chain 'A' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))AA6 - 3711 - 42
121CYSCYSASNASN(chain 'A' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))AA39 - 13744 - 142
231TYRTYRGLUGLU(chain 'C' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))CC6 - 376 - 37
241CYSCYSASNASN(chain 'C' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))CC39 - 13739 - 137
351TYRTYRGLUGLU(chain 'E' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))EE6 - 376 - 37
361CYSCYSASNASN(chain 'E' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))EE39 - 13739 - 137
471TYRTYRGLUGLU(chain 'G' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))GG6 - 3711 - 42
481CYSCYSASNASN(chain 'G' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))GG39 - 13744 - 142
591TYRTYRGLUGLU(chain 'I' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))II6 - 376 - 37
5101CYSCYSASNASN(chain 'I' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))II39 - 13739 - 137
6111TYRTYRGLUGLU(chain 'K' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))KK6 - 376 - 37
6121CYSCYSASNASN(chain 'K' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))KK39 - 13739 - 137
7131TYRTYRGLUGLU(chain 'M' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))MM6 - 376 - 37
7141CYSCYSASNASN(chain 'M' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))MM39 - 13739 - 137
8151TYRTYRGLUGLU(chain 'O' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))OO6 - 376 - 37
8161CYSCYSASNASN(chain 'O' and (resid 6 through 37 or resid 39 through 137))OO39 - 13739 - 137
1172ALAALAASNASN(chain 'B' and resid 54 through 73)BB54 - 735 - 24
2182ALAALAASNASN(chain 'D' and resid 54 through 73)DD54 - 735 - 24
3192ALAALAASNASN(chain 'F' and resid 54 through 73)FF54 - 735 - 24
4202ALAALAASNASN(chain 'H' and resid 54 through 73)HH54 - 735 - 24
5212ALAALAASNASN(chain 'J' and resid 54 through 73)JJ54 - 735 - 24
6222ALAALAASNASN(chain 'L' and resid 54 through 73)LL54 - 735 - 24
7232ALAALAASNASN(chain 'N' and resid 54 through 73)NN54 - 735 - 24
8242ALAALAASNASN(chain 'P' and resid 54 through 73)PP54 - 735 - 24

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 anti-apoptotic membrane protein


分子量: 17476.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sheeppox virus (strain Turkey/TU-V02127) (ウイルス)
遺伝子: SPPV_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A3F2YKH3
#2: タンパク質・ペプチド
Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 3152.553 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07812
#3: タンパク質
anti-apoptotic membrane protein


分子量: 17064.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sheeppox virus (strain Turkey/TU-V02127) (ウイルス)
遺伝子: SPPV_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A3F2YKH3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Citrate pH 4.0, 20% w/vPEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→46.8192839353 Å / Num. obs: 34323 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.2386465218 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.91→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.244 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.545

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8.0-3モデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDS20180427データ削減
Aimless7データスケーリング
PHASER1.11.1-2575-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SPPV_Hrk

解像度: 2.91414639113→46.8192839353 Å / SU ML: 0.536279074799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34422129548 / 位相誤差: 33.0426813257
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288336241435 1784 5.20982390562 %
Rwork0.238579484104 --
obs0.241186273945 34243 99.3270485859 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91414639113→46.8192839353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10275 0 0 44 10319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039185532225410355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63380988893413904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04145259511961659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003594314065461776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.98436527716582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91414639113-2.9920.3905624964911400.3520628022732381X-RAY DIFFRACTION96.3685015291
2.9929-3.0810.3730573897381490.3347537763282492X-RAY DIFFRACTION99.6603773585
3.081-3.18040.3974607905481260.3360178313672499X-RAY DIFFRACTION99.6961640714
3.1804-3.2940.4024006253561460.3240914713522474X-RAY DIFFRACTION99.8095238095
3.294-3.42590.3370778299591210.2930742103552523X-RAY DIFFRACTION99.8112495281
3.4259-3.58180.3371819364141440.280701792132491X-RAY DIFFRACTION99.5090634441
3.5818-3.77050.2973937788081190.2581182688892473X-RAY DIFFRACTION99.27230946
3.7705-4.00660.263593640481130.2309092220162541X-RAY DIFFRACTION99.7744360902
4.0066-4.31580.2389135524931450.2007448289882505X-RAY DIFFRACTION100
4.3158-4.74970.2676113209531470.1920050931552493X-RAY DIFFRACTION99.7732426304
4.7497-5.43610.2691442706681390.2162746858142511X-RAY DIFFRACTION99.7365449755
5.4361-6.84550.3059572689551520.2606342744222513X-RAY DIFFRACTION99.7007108118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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