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- PDB-6xy1: Crystal structure of a de novo designed parallel four-helix coile... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy1
タイトルCrystal structure of a de novo designed parallel four-helix coiled coil, 4-KE-4.
要素4-KE-4
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / parallel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002820/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)EP/L016494/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L016494/1 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: RobustDe Novo-Designed Homotetrameric Coiled Coils.
著者: Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12023年3月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-KE-4
B: 4-KE-4
C: 4-KE-4
D: 4-KE-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7744
ポリマ－14,7744
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.520, 53.520, 50.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
4-KE-4


分子量: 3693.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M sodium citrate, pH 6.5, supplemented with 25% glycerol for cryo-protection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→53.52 Å / Num. obs: 22852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 11.48 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique obs: 1106 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3546精密化
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→53.52 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 16.9668
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 961 4.21 %
Rwork0.1612 --
obs0.1623 22824 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→53.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 0 1 160 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73521404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0329147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.51468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.580.1911560.15873082X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.680.21541110.15283138X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.810.19531660.15763056X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.990.18821290.15873143X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.280.15281450.14613106X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.870.17721300.16413131X-RAY DIFFRACTION100
2.87-53.520.20791240.17023207X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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