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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xxz | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a de novo designed parallel four-helix coiled coil, 2-EK-4 | ||||||||||||
![]() | 2-EK-4 | ||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / parallel | ||||||||||||
機能・相同性 | PROPANOIC ACID![]() | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RobustDe Novo-Designed Homotetrameric Coiled Coils. 著者: Edgell, C.L. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3462.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium propionate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, 0.1 M bis-tris propane, 25% PEG1500, pH 7.0, supplemented with 25% glycerol for cryo-protection |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→43.94 Å / Num. obs: 6093 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 19.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 308 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.0354676102 Å / Origin y: -8.20651094721 Å / Origin z: 13.7493872719 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |