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- PDB-6xx6: Arabidopsis thaliana Casein Kinase 2 (CK2) alpha-1 crystal form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xx6
タイトルArabidopsis thaliana Casein Kinase 2 (CK2) alpha-1 crystal form I
要素Casein kinase II subunit alpha-1
キーワードCELL CYCLE / Kinase / CK2 / Casein Kinase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / regulation of circadian rhythm / kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / ATP binding ...protein kinase CK2 complex / regulation of circadian rhythm / kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PIVALIC ACID / Casein kinase II subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84919690899 Å
データ登録者Demulder, M. / De Veylder, L. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G023616N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G011420N ベルギー
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana casein kinase 2 alpha 1.
著者: Demulder, M. / De Veylder, L. / Loris, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Demulder, M. / De Veylder, L. / Loris, R.
履歴
登録2020年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9416
ポリマ－40,5221
非ポリマー4195
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.98, 61.98, 227.73
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha-1 / CK II / Casein kinase alpha 1 / AtCKA1


分子量: 40521.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CKA1, At5g67380, K8K14.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08467, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 358分子

#2: 化合物 ChemComp-PIV / PIVALIC ACID / ピバル酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium sulfate 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 38648 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 29.0568885607 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 5815 / CC1/2: 0.704

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER1.11.1_2575位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PZH

3pzh


解像度: 1.84919690899→48.0095807101 Å / SU ML: 0.245576210565 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.362077121 / 位相誤差: 20.1312265863
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19905896854 3565 5.0086404316 %
Rwork0.173132304507 --
obs0.174441353737 35083 98.2469943545 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.560177005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84919690899→48.0095807101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 0 20 353 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006216939424452894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.065092349813946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399856326859425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00435168801712506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2818014091114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8492-1.87450.4019985125311190.3661497646192252X-RAY DIFFRACTION81.5337001376
1.8745-1.90130.3401986348441310.3264792153432487X-RAY DIFFRACTION91.2831241283
1.9013-1.92970.3171469532741410.3097839717892653X-RAY DIFFRACTION95.717711545
1.9297-1.95980.300038439331380.2868203970892642X-RAY DIFFRACTION96.1272475795
1.9598-1.9920.3123737084971420.2697713869282675X-RAY DIFFRACTION96.6712422787
1.992-2.02630.2673720082331390.2443263517562698X-RAY DIFFRACTION98.4044398196
2.0263-2.06320.2306569475111460.2246780078882728X-RAY DIFFRACTION98.6273164036
2.0632-2.10290.2250556135151450.2020502052262693X-RAY DIFFRACTION99.3349667483
2.1029-2.14580.221096247231470.1929937867362778X-RAY DIFFRACTION99.6592844974
2.1458-2.19240.2475912192471420.1910413576442740X-RAY DIFFRACTION99.8613998614
2.1924-2.24340.2191385175871460.1890879091042735X-RAY DIFFRACTION99.9653018737
2.2434-2.29950.1901469649461530.1740621794072786X-RAY DIFFRACTION99.9319959198
2.2995-2.36170.2271747787991470.1766216448152727X-RAY DIFFRACTION99.8957247132
2.3617-2.43120.2216388062981440.1556802430162764X-RAY DIFFRACTION99.9656239257
2.4312-2.50970.1934237211961500.157512146672748X-RAY DIFFRACTION100
2.5097-2.59940.1880007769831350.1581013270192739X-RAY DIFFRACTION100
2.5994-2.70340.2048206191091460.1720334421392772X-RAY DIFFRACTION100
2.7034-2.82650.1877017955531480.1760272459072763X-RAY DIFFRACTION99.8970487303
2.8265-2.97550.2073935027921440.1780963596462722X-RAY DIFFRACTION100
2.9755-3.16180.2049436099371430.1718936035722754X-RAY DIFFRACTION100
3.1618-3.40590.1612119952361450.1655917134122741X-RAY DIFFRACTION99.9653619674
3.4059-3.74850.1824226628441460.1539869463162763X-RAY DIFFRACTION100
3.7485-4.29070.1690744455761400.1350122210842740X-RAY DIFFRACTION100
4.2907-5.40460.1526509599821430.1335192117772767X-RAY DIFFRACTION99.9656475438
5.4046-48.009580.1923969670021450.1704214506032745X-RAY DIFFRACTION99.4494150034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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