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- PDB-6xx9: Arabidopsis thaliana Casein Kinase 2 (CK2) alpha-1 crystal form III -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xx9 | |||||||||
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Title | Arabidopsis thaliana Casein Kinase 2 (CK2) alpha-1 crystal form III | |||||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha-1 | |||||||||
![]() | CELL CYCLE / Kinase / CK2 / Casein Kinase | |||||||||
Function / homology | ![]() protein kinase CK2 complex / regulation of circadian rhythm / kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Demulder, M. / De Veylder, L. / Loris, R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Arabidopsis thaliana casein kinase 2 alpha 1. Authors: Demulder, M. / De Veylder, L. / Loris, R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 181.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 119.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xx6C ![]() 6xx7C ![]() 6xx8C ![]() 3pzhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40521.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q08467, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-TRS / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M sodium sulfate 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.837→50 Å / Num. obs: 33228 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 35.9412083837 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.95 Å / Num. unique obs: 4699 / CC1/2: 0.62 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3PZH Resolution: 1.84→42.9819062801 Å / SU ML: 0.279778578395 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2997274716 / Phase error: 29.9459641375
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.8045737869 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→42.9819062801 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 21.1062403897 Å / Origin y: 0.10744297088 Å / Origin z: 12.3993195488 Å
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Refinement TLS group | Selection details: Chain A |