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万見
- PDB-6xw2: Crystal structure of the bright genetically encoded calcium indic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xw2
タイトルCrystal structure of the bright genetically encoded calcium indicator NCaMP7 based on mNeonGreen fluorescent protein
要素Genetically encoded calcium indicator NCaMP7 based on mNeonGreen fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / NCaMP7 / calcium sensor / calcium indicator / genetically encoded / mNeonGreen / bright
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Lazarenko, V.A. / Subach, O.M. / Subach, F.V.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Science Foundation16-15-10323 ロシア
Russian Foundation for Basic Research19-04-00395 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Novel Genetically Encoded Bright Positive Calcium Indicator NCaMP7 Based on the mNeonGreen Fluorescent Protein.
著者: Subach, O.M. / Sotskov, V.P. / Plusnin, V.V. / Gruzdeva, A.M. / Barykina, N.V. / Ivashkina, O.I. / Anokhin, K.V. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Vlaskina, A.V. / Lazarenko, V.A. / ...著者: Subach, O.M. / Sotskov, V.P. / Plusnin, V.V. / Gruzdeva, A.M. / Barykina, N.V. / Ivashkina, O.I. / Anokhin, K.V. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Vlaskina, A.V. / Lazarenko, V.A. / Boyko, K.M. / Rakitina, T.V. / Varizhuk, A.M. / Pozmogova, G.E. / Podgorny, O.V. / Piatkevich, K.D. / Boyden, E.S. / Subach, F.V.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genetically encoded calcium indicator NCaMP7 based on mNeonGreen fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0389
ポリマ－51,4931
非ポリマー5458
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.900, 65.700, 93.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Genetically encoded calcium indicator NCaMP7 based on mNeonGreen fluorescent protein


分子量: 51493.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6; 0.2M Ammonium sulfate; 22% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.79272 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.79272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.99 Å / Num. obs: 38947 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.355 % / Biso Wilson estimate: 21.348 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 14.54 / Num. measured all: 442254 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.911.460.8423.3883720.850.881100
1.9-211.3950.5035.6243090.940.526100
2-311.4250.21912.03182620.990.23100
3-411.2510.0731.4745370.9990.073100
4-511.1440.04447.4416490.9990.046100
5-1010.7340.05537.4715700.9990.057100
10-509.230.02757.3824810.02997.6
1.75-1.90.883.3883720.85100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MWC

5mwc


解像度: 1.75→37.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.35 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.105
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 1947 5 %RANDOM
Rwork0.1632 ---
obs0.1647 37000 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.16 Å2 / Biso mean: 15.023 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 460 357 3878
Biso mean--13.97 25.31 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.6594282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.531.5836510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.685384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24722.914175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3915531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1851518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02688
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 116 -
Rwork0.223 2704 -
all-2820 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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