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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xvx | ||||||
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タイトル | X-ray structure obtained upon reaction of dirhodium tetraacetate with RNase A (high resolution) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / dirhodium / model protein / metalation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Ferraro, G. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020 タイトル: Protein interactions of dirhodium tetraacetate: a structural study. 著者: Ferraro, G. / Pratesi, A. / Messori, L. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xvx.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xvx.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6xvx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xvx_validation.pdf.gz | 5.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xvx_full_validation.pdf.gz | 5.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xvx_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xvx_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6xw0C 4ot4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-RH3 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG 4K 10 mM sodium citrate buffer pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→72.69 Å / Num. obs: 43787 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2120 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.327 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ot4 解像度: 1.4→72.688 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.561 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→72.688 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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