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- PDB-6xvk: Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xvk
タイトルCrystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor bearing an acrylamide
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / type II kinase inhibitor / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development ...positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development / endothelium development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / mesenchymal cell proliferation / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endothelial cell differentiation / lymph vessel development / positive regulation of vasculogenesis / vascular wound healing / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / anchoring junction / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / embryonic hemopoiesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / lung alveolus development / positive regulation of mitochondrial fission / branching involved in blood vessel morphogenesis / growth factor binding / positive regulation of stem cell proliferation / sorting endosome / positive regulation of mitochondrial depolarization / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of MAPK cascade / positive regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell fate commitment / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vasculogenesis / ovarian follicle development / coreceptor activity / calcium ion homeostasis / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / stem cell proliferation / VEGFR2 mediated cell proliferation / receptor protein-tyrosine kinase / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein phosphorylation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / cell junction / protein autophosphorylation / regulation of cell shape / cell migration / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O3E / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Schimpl, M. / McAuley, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. ...Schimpl, M. / McAuley, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / Kettle, J.G. / Waring, M.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Alkynyl Benzoxazines and Dihydroquinazolines as Cysteine Targeting Covalent Warheads and Their Application in Identification of Selective Irreversible Kinase Inhibitors.
著者: McAulay, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Schimpl, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Bhavsar, D. / Robinson, D.M. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / ...著者: McAulay, K. / Hoyt, E.A. / Thomas, M. / Schimpl, M. / Bodnarchuk, M.S. / Lewis, H.J. / Barratt, D. / Bhavsar, D. / Robinson, D.M. / Deery, M.J. / Ogg, D.J. / Bernardes, G.J.L. / Ward, R.A. / Waring, M.J. / Kettle, J.G.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5262
ポリマ－36,9901
非ポリマー5371
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.550, 57.010, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 36989.609 Da / 分子数: 1 / 断片: protein kinase domain (807-1171 del[940-989]) / 変異: E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1, VEGFR2 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-O3E / ~{N}-(4,4-dimethyl-2-prop-1-ynyl-3,1-benzoxazin-6-yl)-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide


分子量: 536.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H28N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 % / Mosaicity: 0.34 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 11 % PEG8000, 0.1 M PCTP buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→48.52 Å / Num. obs: 22301 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 55.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 75115 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.043.21.285447813930.3950.8311.5360.784.6
8.88-48.523.10.0158552740.9990.010.01844.398.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.99→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1115 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 22292 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 186.92 Å2 / Biso mean: 75.99 Å2 / Biso min: 36.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6828 Å20 Å26.3129 Å2
2--0.6206 Å20 Å2
3---0.0622 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→48.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 40 33 2463
Biso mean--47.52 59.68 -
残基数----298
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d875SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes411HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2494HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion307SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2847SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2494HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3374HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.25
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 22 4.93 %
Rwork0.2463 424 -
all0.2435 446 -
obs--65.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.7405 Å / Origin y: -0.0332 Å / Origin z: 15.6195 Å
111213212223313233
T-0.221 Å20.0301 Å2-0.004 Å2--0.1953 Å2-0.0128 Å2---0.2593 Å2
L2.9145 °20.3097 °22.2612 °2-3.454 °22.144 °2--6.4769 °2
S0.0692 Å °-0.0681 Å °-0.1256 Å °-0.092 Å °-0.2419 Å °-0.0242 Å °-0.1655 Å °-0.6026 Å °0.1727 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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