PDB-6xvh: carbonic anhydrase with bound arylsulfonamide- boronic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xvh

タイトル

carbonic anhydrase with bound arylsulfonamide- boronic acid

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / carbonic anhydrase with bound arylsulfonamide- boronic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Perez, C. / Zhang, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: An easy to assemble, fully modulable, selectiv and colorimetric artificial bio-sensor for fingerprintting the recognition of neurotransmitters
著者: Rossel, T. / Perez, C. / Zhang, B. / Gobat, R.

履歴

登録	2020年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xvh.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xvh.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xvh_validation.pdf.gz	797.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xvh_full_validation.pdf.gz	797.7 KB	表示
XML形式データ	6xvh_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6xvh_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bn1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y00-1 4ruy-d 3p4v-d 9ca2-d 1avn-d 3kon-d 6b5a-d 5gmn-d 5llh-d 6d1m-d 1cal-d 5u0d-d 5ti0-d 1caj-d 1g3z-d 3mhi-d 6b59-d 4m2w-d 3dc3-d 4jss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.310, 41.360, 72.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-O3B / (4-sulfamoylphenyl)boronic acid 分子量: 201.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈BNO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tris, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→29.123 Å / Num. obs: 41104 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 3.23 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.242 / Net I/σ(I): 11.89 / Num. measured all: 132782

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	1.934	0.711	1.39	2029	3564	1049	0.441	0.96	29.4
1.8-1.85	2.182	0.558	2.29	4275	3458	1959	0.569	0.741	56.7
1.85-1.9	2.321	0.451	3.09	5221	3285	2249	0.722	0.59	68.5
1.9-1.96	2.497	0.374	4.19	6386	3211	2557	0.79	0.477	79.6
1.96-2.02	2.893	0.298	5.42	8395	3195	2902	0.891	0.368	90.8
2.02-2.1	3.554	0.266	7.12	10636	2998	2993	0.938	0.314	99.8
2.1-2.17	3.625	0.205	8.61	10629	2954	2932	0.956	0.241	99.3
2.17-2.26	3.636	0.169	9.79	10025	2790	2757	0.969	0.199	98.8
2.26-2.36	3.572	0.138	10.29	9642	2731	2699	0.97	0.163	98.8
2.36-2.48	3.487	0.119	11.21	8858	2580	2540	0.978	0.141	98.4
2.48-2.61	3.264	0.098	12	7810	2451	2393	0.981	0.117	97.6
2.61-2.77	3.644	0.085	13.87	8454	2329	2320	0.988	0.1	99.6
2.77-2.96	3.588	0.071	15.29	7812	2210	2177	0.99	0.084	98.5
2.96-3.2	3.501	0.061	17.31	6900	1992	1971	0.993	0.072	98.9
3.2-3.51	3.354	0.051	19.03	6124	1889	1826	0.992	0.061	96.7
3.51-3.92	3.193	0.046	21.87	5137	1678	1609	0.994	0.055	95.9
3.92-4.53	3.562	0.041	26.05	5300	1503	1488	0.997	0.048	99
4.53-5.54	3.466	0.036	28.72	4280	1259	1235	0.997	0.043	98.1
5.54-7.84	3.234	0.033	30.16	3001	973	928	0.996	0.04	95.4
7.84-29.123	3.592	0.027	36.84	1868	527	520	0.999	0.031	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BN1

1bn1

解像度: 1.8→29.123 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	1070	5.12 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.1958	20901	92.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.09 Å² / B_iso mean: 32.3301 Å² / B_iso min: 13.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	14	210	2273
B_iso mean	-	-	30	36.57	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	2869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.484	1246

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.882	0.3858	93	0.2749	1665	63
1.882-1.9812	0.2609	123	0.2268	2174	81
1.9812-2.1052	0.2602	131	0.2094	2616	98
2.1052-2.2677	0.267	150	0.2106	2642	100
2.2677-2.4958	0.2791	146	0.2189	2666	99
2.4958-2.8567	0.2621	140	0.2121	2669	99
2.8567-3.5981	0.2247	133	0.1954	2683	99
3.5981-29.123	0.2258	154	0.1661	2716	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.176	-0.2153	0.2081	0.2729	-0.2378	0.3317	0.0011	-0.055	-0.3322	-0.2306	-0.2347	-0.4801	0.0714	0.2888	-0.0555	0.1835	0.0463	0.0495	0.368	0.0002	0.3695	29.9621	-5.3039	14.5656
2	0.2394	-0.1669	0.1317	0.1438	-0.0709	0.2064	-0.1787	-0.386	-0.0633	0.249	0.1271	-0.1963	0.1156	0.1512	0.0015	0.2466	0.0307	-0.0135	0.3265	0.0077	0.2514	18.2205	-4.5923	29.149
3	0.2617	-0.1668	0.0651	0.3772	-0.0094	0.0693	-0.039	-0.1318	0.3192	0.0177	0.0815	0.0735	-0.1084	-0.0351	0.0003	0.2667	0.0206	-0.0009	0.3567	0.0143	0.3448	1.7024	3.7068	17.7589
4	0.6144	0.0359	0.0331	0.2544	0.1615	0.6463	-0.0329	-0.0127	0.0427	-0.0676	-0.0004	0.0382	0.0077	0.0116	0	0.2221	-0.0052	-0.0029	0.1848	0.0099	0.22	9.4782	-1.3519	15.4274
5	0.7394	-0.0975	-0.0755	0.8935	-0.1405	0.8896	0.0113	0.013	0.0339	-0.0899	0.0319	0.0757	0.0586	-0.0345	0	0.1787	-0.0055	-0.0093	0.1713	0.0047	0.1727	9.7878	-2.5522	12.4503
6	0.3212	-0.281	0.1456	0.6106	-0.1257	0.1118	-0.1272	-0.1894	-0.0937	-0.0271	0.0883	-0.0344	0.1646	0.0125	-0.0001	0.231	0.0411	-0.0065	0.3337	0.0119	0.226	15.8023	-7.258	24.0617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 19 )	A	4 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 39 )	A	20 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 61 )	A	40 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 115 )	A	62 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 238 )	A	116 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 239 through 261 )	A	239 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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