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- PDB-6xv4: Neutron structure of ferric ascorbate peroxidase-ascorbate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xv4
タイトルNeutron structure of ferric ascorbate peroxidase-ascorbate complex
要素Ascorbate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ascorbate peroxidase / neutron crystallography / heme peroxidase / proton pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / L-ascorbate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kwon, H. / Basran, J. / Devos, J.M. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Blakeley, M.P. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N015940/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Visualizing the protons in a metalloenzyme electron proton transfer pathway.
著者: Kwon, H. / Basran, J. / Devos, J.M. / Suardiaz, R. / van der Kamp, M.W. / Mulholland, A.J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Blakeley, M.P. / Moody, P.C.E. / Raven, E.L.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3866
ポリマ－28,3621
非ポリマー1,0245
水6,557364
1
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子

A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,77112
ポリマ－56,7242
非ポリマー2,04810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_735y+2,x-2,-z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.862, 81.862, 74.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

DOD

21A-436-

DOD

31A-607-

DOD

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ascorbate peroxidase / Cytosolic ascorbate peroxidase 1 / Uncharacterized protein


分子量: 28361.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: apx1, GLYMA_U021900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase
#5: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 368分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lithium sulfate HEPES

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF13.4
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.54
検出器
タイプID検出器日付
BIODIFF1IMAGE PLATE2017年2月1日
RIGAKU SATURN 9442CCD2017年3月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.41
21.541
反射

Entry-ID: 6XV4 / Rmerge(I) obs: 0.2

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Diffraction-IDNet I/σ(I)
2.1-36.21436891.1313.9
1.9-20.420067899.910.926.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID
2.1-2.160.410341
1.9-1.940.613692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

% reflection Rfree: 10 % / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.98 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5JPR

5jpr

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)σ(F)
1.9-20.47X-RAY DIFFRACTION96.9821.62591.160.22580.16510.171220652064299.981.35
2.09-35.93NEUTRON DIFFRACTION0.29830.210.218714351434891.250
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→20.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 103 1046 3048
Biso mean--19.91 33.01 -
残基数----248
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.160.34591240.24251115NEUTRON DIFFRACTION81
2.16-2.250.31021270.22881146NEUTRON DIFFRACTION83
2.25-2.350.32421330.21961193NEUTRON DIFFRACTION85
2.35-2.470.2921370.21931238NEUTRON DIFFRACTION89
2.47-2.630.3081410.22021259NEUTRON DIFFRACTION91
2.63-2.830.30431390.21651261NEUTRON DIFFRACTION90
2.83-3.120.30561490.22231336NEUTRON DIFFRACTION95
3.12-3.560.29221550.19091396NEUTRON DIFFRACTION98
3.57-4.490.25191600.16261438NEUTRON DIFFRACTION99
1.9-1.940.22291360.18981221X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.21811340.1771201X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.22761340.1651213X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.23151360.15551222X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.22061350.15531216X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.22971350.17151219X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.340.2361370.15551227X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.2331340.1531213X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.22241390.15311234X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.2311350.16731226X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.24621380.1681240X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.250.24381370.17541249X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.710.20841410.15251261X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.670.19011410.15151277X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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