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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xus | ||||||
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タイトル | RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base | ||||||
![]() | RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base | ||||||
![]() | RNA / 6-hydrazino-2-aminopurine modified base | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ennifar, E. / Micura, R. / Gasser, C. / Brillet, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Thioguanosine Conversion Enables mRNA-Lifetime Evaluation by RNA Sequencing Using Double Metabolic Labeling (TUC-seq DUAL). 著者: Gasser, C. / Delazer, I. / Neuner, E. / Pascher, K. / Brillet, K. / Klotz, S. / Trixl, L. / Himmelstoss, M. / Ennifar, E. / Rieder, D. / Lusser, A. / Micura, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 273.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 273.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3881.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MPD, Na Cacodylate, spermine, NaCl, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→50 Å / Num. obs: 106381 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 13.68 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.32 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 1200 / CC1/2: 0.148 / Rrim(I) all: 261 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2Q1R 解像度: 1.1→24.62 Å / SU ML: 0.1782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.5847 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→24.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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