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- PDB-6xur: RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xur
タイトルRNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
要素RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
キーワードRNA / 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Ennifar, E. / Micura, R. / Gasser, C. / Brillet, K.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Thioguanosine Conversion Enables mRNA-Lifetime Evaluation by RNA Sequencing Using Double Metabolic Labeling (TUC-seq DUAL).
著者: Gasser, C. / Delazer, I. / Neuner, E. / Pascher, K. / Brillet, K. / Klotz, S. / Trixl, L. / Himmelstoss, M. / Ennifar, E. / Rieder, D. / Lusser, A. / Micura, R.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年5月5日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9303
ポリマ－3,8811
非ポリマー492
水1,38777
1
A: RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
ヘテロ分子

A: RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8606
ポリマ－7,7632
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1530 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area4520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.420, 35.030, 32.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.724, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1235-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA dodecamer with a 6-hydrazino-2-aminopurine modified base


分子量: 3881.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6HA = 6-hydrazino-2-aminopurine / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MPD, sodium cacodylate, spermine tetrahydrochloride, NaCl, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 113052 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 14.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 1→1.03 Å / Num. unique obs: 3237 / CC1/2: 0.0056 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q1R

2q1r


解像度: 1.1→24.64 Å / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.6426
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 717 4.99 %
Rwork0.1538 --
obs0.1551 14367 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.3 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 257 2 77 336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9781446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.045213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5717131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.180.30871430.3152707X-RAY DIFFRACTION99.44
1.18-1.30.22771430.19052703X-RAY DIFFRACTION99.86
1.3-1.490.22111430.15832724X-RAY DIFFRACTION99.97
1.49-1.880.17311430.1462743X-RAY DIFFRACTION99.86
1.88-24.640.16381450.14312773X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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