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万見
- PDB-6xuo: mature recombinant horse NGF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xuo
タイトルmature recombinant horse NGF
要素Nerve growth factor
キーワードCYTOKINE / neural growth factor / mature form
機能・相同性
機能・相同性情報


nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / neuron projection morphogenesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / synaptic vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process ...nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / neuron projection morphogenesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / synaptic vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process / axon / dendrite / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Kalnins, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mature horse nerve growth factor at 2.8 angstrom resolution
著者: Kalnins, G. / Tars, K.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1093
ポリマ－24,9781
非ポリマー1312
水00
1
A: Nerve growth factor
ヘテロ分子

A: Nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2186
ポリマ－49,9572
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y,-z+1/21
Buried area3450 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.490, 108.490, 108.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

ZN

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要素

#1: タンパク質 Nerve growth factor


分子量: 24978.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: NGF / プラスミド: pet42a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6SVV7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.11 M Zn acetate, 0.1 M MES (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→76.71 Å / Num. obs: 5381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 79.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 776 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.212 / Rrim(I) all: 0.884 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SG1

1sg1


解像度: 2.803→54.245 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 553 10.28 %
Rwork0.2193 4826 -
obs0.2238 5379 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.06 Å2 / Biso mean: 82.2413 Å2 / Biso min: 52.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.803→54.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数838 0 2 0 840
Biso mean--76.37 --
残基数----107
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.8031-3.08510.31811080.27361228
3.0851-3.53150.30031480.23991177
3.5315-4.4490.28911260.23021198
4.449-54.2450.24221710.20011223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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