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- PDB-6xu4: Crystal structure of the genetically-encoded FGCaMP calcium indic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xu4
タイトルCrystal structure of the genetically-encoded FGCaMP calcium indicator in its calcium-bound state
要素FGCamp
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / FGCamp / calcium sensor / calcium indicator / genetically encoded / troponin / florescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle pole body organization / spore germination / central plaque of spindle pole body / hyphal tip / enzyme regulator activity / calcium-mediated signaling / microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell cycle / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Calmodulin / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Barykina, N.V. / Subach, O.M. / Subach, F.V.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Science Foundation16-15-10323 ロシア
Russian Foundation for Basic Research19-04-00395 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: FGCaMP7, an Improved Version of Fungi-Based Ratiometric Calcium Indicator for In Vivo Visualization of Neuronal Activity.
著者: Barykina, N.V. / Sotskov, V.P. / Gruzdeva, A.M. / Wu, Y.K. / Portugues, R. / Subach, O.M. / Chefanova, E.S. / Plusnin, V.V. / Ivashkina, O.I. / Anokhin, K.V. / Vlaskina, A.V. / Korzhenevskiy, ...著者: Barykina, N.V. / Sotskov, V.P. / Gruzdeva, A.M. / Wu, Y.K. / Portugues, R. / Subach, O.M. / Chefanova, E.S. / Plusnin, V.V. / Ivashkina, O.I. / Anokhin, K.V. / Vlaskina, A.V. / Korzhenevskiy, D.A. / Nikolaeva, A.Y. / Boyko, K.M. / Rakitina, T.V. / Varizhuk, A.M. / Pozmogova, G.E. / Subach, F.V.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FGCamp
B: FGCamp
E: FGCamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,87113
ポリマ－140,4703
非ポリマー40110
水543
1
A: FGCamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9845
ポリマ－46,8231
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FGCamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9845
ポリマ－46,8231
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: FGCamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9043
ポリマ－46,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.561, 163.561, 143.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23E
14B
24E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEUAA1 - 1831 - 183
21ARGARGLEULEUBB1 - 1831 - 183
12VALVALMETMETAA187 - 412185 - 410
22VALVALMETMETBB187 - 412185 - 410
13PHEPHETHRTHRAA283 - 337281 - 335
23PHEPHETHRTHREC283 - 337281 - 335
14PHEPHETHRTHRBB283 - 337281 - 335
24PHEPHETHRTHREC283 - 337281 - 335

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 FGCamp


分子量: 46823.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Aspergillus fumigatus, Aequorea victoria / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60204*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M Ammonium sulfate; 10%DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→89.94 Å / Num. obs: 33268 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.18-3.3470.8763051843530.7260.3530.9472.4100
10.55-89.9460.039625010480.9760.020.04434.999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EK7

3ek7


解像度: 3.18→89.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.755 / SU B: 23.011 / SU ML: 0.405 / SU R Cruickshank DPI: 0.9505 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.95 / ESU R Free: 0.509
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3483 1653 5 %RANDOM
Rwork0.2791 ---
obs0.2825 31561 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.16 Å2 / Biso mean: 79.989 Å2 / Biso min: 40.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→89.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6410 0 2440 3 8853
Biso mean--85.47 45.19 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.6558837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221.59113515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6685819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6424.006352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.162151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3821531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021318
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A40210.13
12B40210.13
21A62570.12
22B62570.12
31A17030.11
32E17030.11
41B15970.13
42E15970.13
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.263 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 123 -
Rwork0.292 2300 -
all-2423 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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