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- PDB-6xu3: (R)-selective amine transaminase from Shinella sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xu3
タイトル(R)-selective amine transaminase from Shinella sp.
要素Class IV aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / fold IV PLP-dependent enzyme / amine transaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel ...Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINOBENZOIC ACID / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PLG / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Probable branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Shinella sp. JR1-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Telzerow, A. / Hakansson, M. / Steiner, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
European Commission634200 オーストリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Expanding the Toolbox of R-Selective Amine Transaminases by Identification and Characterization of New Members.
著者: Telzerow, A. / Paris, J. / Hakansson, M. / Gonzalez-Sabin, J. / Rios-Lombardia, N. / Groger, H. / Moris, F. / Schurmann, M. / Schwab, H. / Steiner, K.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class IV aminotransferase
B: Class IV aminotransferase
C: Class IV aminotransferase
D: Class IV aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,19323
ポリマ－146,9394
非ポリマー2,25319
水11,061614
1
A: Class IV aminotransferase
D: Class IV aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,50611
ポリマ－73,4702
非ポリマー1,0369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
2
B: Class IV aminotransferase
C: Class IV aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,68712
ポリマ－73,4702
非ポリマー1,21710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.374, 82.118, 222.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Class IV aminotransferase


分子量: 36734.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shinella sp. JR1-6 (バクテリア) / 遺伝子: EXZ48_21850 / プラスミド: pEHISTEV / 細胞株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q8MG35

-
非ポリマー , 8種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#8: 化合物 ChemComp-GAB / 3-AMINOBENZOIC ACID / GABACULINE / 3-アミノ安息香酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium nitrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→46.04 Å / Num. obs: 81122 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 33.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1346 / Rpim(I) all: 0.05517 / Rrim(I) all: 0.1457 / Net I/σ(I): 10.94
反射 シェル解像度: 2.099→2.174 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 7727 / CC1/2: 0.581 / CC star: 0.857 / Rpim(I) all: 0.5618 / % possible all: 96.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.14-3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CE5

4ce5


解像度: 2.1→46.04 Å / SU ML: 0.2739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.1561
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 4189 5.17 %
Rwork0.1891 --
obs0.1913 81094 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10180 0 145 614 10939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016910649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.641214450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08721548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3463931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.37411260.34292197X-RAY DIFFRACTION88.6
2.12-2.150.38431380.30512582X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.170.32341310.29612543X-RAY DIFFRACTION99.89
2.17-2.20.31011220.27912555X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.230.30941350.27882564X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.260.29931220.26382529X-RAY DIFFRACTION99.92
2.26-2.290.3221620.25912527X-RAY DIFFRACTION99.85
2.29-2.330.27761250.24332537X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.360.28991530.23262559X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.40.29581460.23882523X-RAY DIFFRACTION99.89
2.4-2.440.27891450.2482550X-RAY DIFFRACTION99.48
2.44-2.490.32081460.24232525X-RAY DIFFRACTION99.52
2.49-2.540.29351270.22162573X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.590.28391430.2192566X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.640.25381390.22242538X-RAY DIFFRACTION99.96
2.64-2.710.28031390.21252545X-RAY DIFFRACTION99.89
2.71-2.770.28551490.2122555X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.850.25821580.20362547X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.930.23181430.19252586X-RAY DIFFRACTION99.74
2.93-3.030.24781390.18692556X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.140.23231290.18472581X-RAY DIFFRACTION99.85
3.14-3.260.22541400.19512581X-RAY DIFFRACTION99.85
3.26-3.410.25061230.18662609X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.23081320.17712608X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-3.810.19251380.16752572X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.110.17651680.15572597X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.520.16841520.13162597X-RAY DIFFRACTION99.78
4.52-5.170.17191510.13392614X-RAY DIFFRACTION99.64
5.17-6.520.19541210.15852696X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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