PDB-6xtu: FULL-LENGTH LTTR LYSG FROM CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xtu

タイトル

FULL-LENGTH LTTR LYSG FROM CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM

要素

Lysine export transcriptional regulatory protein LysG

キーワード

TRANSCRIPTION / LTTR HELIX-TURN-HELIX TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum MB001 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Hofmann, E. / Syberg, F. / Schlicker, C. / Eggeling, L. / Schendzielorz, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Engineering and application of a biosensor with focused ligand specificity.
著者: Della Corte, D. / van Beek, H.L. / Syberg, F. / Schallmey, M. / Tobola, F. / Cormann, K.U. / Schlicker, C. / Baumann, P.T. / Krumbach, K. / Sokolowsky, S. / Morris, C.J. / Grunberger, A. / ...

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xtu.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xtu.ent.gz	196.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xtu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xtu_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xtu_full_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示
XML形式データ	6xtu_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	6xtu_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xtvC 3ispS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xtv-d 3isp-d 5aio-d 6l4z-d 3dyj-d 5iww-d 5gpi-d 2ec5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysine export transcriptional regulatory protein LysG

B: Lysine export transcriptional regulatory protein LysG

67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.980, 124.980, 111.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	0 - 191	20 - 211
1	2	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	197 - 290	217 - 310
2	3	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	0 - 191	20 - 211
2	4	ASP	ASP	chain 'B'	B	B	197 - 290	217 - 310

#1: タンパク質	Lysine export transcriptional regulatory protein LysG 分子量: 33594.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum MB001 (バクテリア) 遺伝子: lysG, Cgl1263, cg1425 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P94632
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 17.5% PEG4000, 0.1 M AMMONIUMSULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.044 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→49.94 Å / Num. obs: 30335 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 62.72 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 25.02
反射シェル	解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 1.206 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 2992 / CC_1/2: 0.742 / R_rim(I) all: 1.273 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS	November 3, 2014q	データ削減
XSCALE	November 3, 2014 BUILT=20141118	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ISP

3isp

解像度: 2.52→49.94 Å / SU ML: 0.3933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.1509

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	2914	5.13 %
R_work	0.1947	-	-
obs	0.1964	30333	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→49.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4352	0	0	20	4372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	4430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8172	6026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7001	1646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.56	0.43	141	0.3637	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.366	137	0.3266	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.65	0.3497	135	0.3099	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-2.7	0.3344	142	0.2909	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.76	0.3319	136	0.2935	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.82	0.3387	139	0.2825	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.88	0.2794	138	0.2652	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.96	0.2593	144	0.2545	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.04	0.3102	150	0.259	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.13	0.2956	149	0.2689	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.23	0.3188	140	0.2605	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.34	0.287	158	0.244	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.48	0.2405	157	0.2251	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.63	0.2694	154	0.204	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.83	0.2301	157	0.201	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.07	0.2152	143	0.1792	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.38	0.1703	108	0.1518	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.82	0.1551	126	0.1319	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-5.52	0.1791	110	0.1548	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-6.94	0.2003	120	0.1738	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
6.95-49.94	0.1502	130	0.1367	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.51403548973	0.849415394342	-1.40920144443	3.00801157502	-1.3101455619	6.5363754564	0.0183183062306	0.0657840260615	0.0172575314075	-0.279187159118	0.0505285959009	0.110149288965	0.245087764406	-0.0989466669577	-0.0422265171997	0.516388128387	0.0437642394221	-0.0576479534436	0.441826398446	0.0156037973168	0.552886408531	34.0375941592	-3.20994173896	-6.05532029982
2	2.26599844009	0.959307653681	-0.0110599793129	4.09960463226	-0.394861123334	1.0222717119	-0.101287279623	-0.0192185221356	-0.244005884253	0.0663575044045	0.079164047466	0.0193803231832	0.0605761111088	0.0387868254816	0.042100126334	0.448028847033	0.0109717288142	0.023190446415	0.469895741315	-0.0237821505204	0.467685411243	36.3806796136	18.7650610616	-18.9469604269
3	6.89093676748	0.776659667756	-1.27516115202	5.26344254519	-0.266879010013	2.42998159335	0.0312554350313	-0.457013533659	0.567263567777	0.0151046160867	0.0512055305053	-0.128986722709	-0.467151520372	0.0460220180646	-0.0616510480777	0.518225316394	0.0298114552709	-0.0871000300631	0.519176711875	-0.0414639423467	0.464479736762	26.7550886682	44.3287134056	-15.3210502865
4	2.94753322699	1.60182024575	-0.140970357868	8.9912320411	-1.12277270138	2.67486693314	-0.150061979071	0.0419866221199	-0.141296713645	-0.169137767585	0.125481640956	-0.427949113397	0.145932950402	0.142778969638	0.0331650109168	0.304901660312	-0.0103461504665	0.00456391000946	0.474687732327	0.0105954399577	0.444997320396	43.9915270184	19.7154075497	-20.5815398612
5	2.35689009606	-1.86113688368	-0.285277536572	7.00422322794	1.88465111544	5.44954981506	0.0683476701623	0.444732894365	-0.193861536997	-1.05372824538	-0.327174562626	-0.11804592764	0.219179049809	0.336705470301	0.185391326256	0.563544860487	0.00610436403786	0.168319478454	0.579771914555	0.00310641729282	0.586651922677	52.0711917175	-12.0857821111	-18.1273964765
6	1.535307659	-0.275763994743	-0.752861454621	2.19205296278	1.0565428847	4.52736886984	-0.188488874156	-0.128686352164	-0.358644712568	0.38442987359	-0.145249829385	0.0517023457369	0.387077628838	-0.318494229816	0.330399212778	0.616594443331	0.00280544241426	0.0806761449173	0.383503280838	0.077442224907	0.460965241293	30.4864255997	8.74076631153	19.1733150586
7	3.59045993835	-1.23171610453	0.281840177554	5.33038379845	-1.41069420687	4.34078051656	-0.17921354694	-0.616306889057	-0.418107860538	0.736137260205	0.287554034788	0.867558293232	0.39209762322	-0.516135141507	-0.0417005157526	0.76985008244	-0.0627037482607	0.23046384826	0.62874030772	0.0932475282442	0.554888498557	13.836129151	22.0446325281	36.4751858777
8	5.01257281569	2.3198361931	-2.69628632235	1.97822573511	0.169400584072	6.80038415943	-0.123907460634	-0.536526115289	-0.487405198893	0.736226410782	0.130291583343	-0.331944133229	1.2903148367	0.422794542289	0.105985689524	1.0148240907	0.119769532879	0.00142358536856	0.471617991686	0.195498035086	0.690480346639	33.9613679174	2.98132372972	23.8001399433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 257 through 290 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 83 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 165 through 256 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 257 through 290 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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