PDB-6xtj: The high resolution structure of the FERM domain of human FERMT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xtj

タイトル

The high resolution structure of the FERM domain of human FERMT2

要素

Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Alzheimer's Disease / integrin binding / FERM domain

機能・相同性

機能・相同性情報

adherens junction maintenance / protein localization to cell junction / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of integrin activation / type I transforming growth factor beta receptor binding / Cell-extracellular matrix interactions / integrin activation / focal adhesion assembly / negative regulation of vascular permeability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Newman, J.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The high resolution structure of the FERM domain of human FERMT2
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Newman, J.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xtj.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xtj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xtj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xtj_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xtj_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	6xtj_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	6xtj_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xpyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xpy-d 2j47-d 1a6c-d 2w4x-d 5uqn-d 3fma-d 1smp-d 3mln-1 5xmh-2 5uqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2

ヘテロ分子

56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.172, 145.172, 59.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2,Fermitin family homolog 2 / Kindlin-2 / Mitogen-inducible gene 2 protein / MIG-2 / Pleckstrin homology domain-containing family ...Kindlin-2 / Mitogen-inducible gene 2 protein / MIG-2 / Pleckstrin homology domain-containing family C member 1 / PH domain-containing family C member 1 分子量: 55580.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FERMT2, KIND2, MIG2, PLEKHC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q96AC1
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 1.4M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→72.7 Å / Num. obs: 95151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.277 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.28 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 25.4 % / R_merge(I) obs: 5.732 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4659 / CC_1/2: 0.732 / R_pim(I) all: 1.638 / R_rim(I) all: 5.965 / Χ²: 0.86 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XPY

5xpy

解像度: 1.6→72.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	1874	1.977 %
R_work	0.1807	-	-
all	0.181	-	-
obs	-	94810	99.707 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.782 Å²	0.391 Å²	0 Å²
2-	-	0.782 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→72.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3694	0	39	377	4110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.636	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.286	1.579	8937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.322	5.205	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.234	23.592	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.463	15	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.29	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.066	0.2	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.459	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.376	2.871	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.377	2.869	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.834	4.301	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.833	4.302	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.044	3.29	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.026	3.289	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.947	4.79	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.946	4.792	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.299	33.777	4705
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.246	33.448	4622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.302	117	0.292	6869	X-RAY DIFFRACTION	99.8143
1.642-1.687	0.305	149	0.285	6653	X-RAY DIFFRACTION	99.6484
1.687-1.735	0.284	123	0.249	6458	X-RAY DIFFRACTION	99.4409
1.735-1.789	0.229	130	0.237	6240	X-RAY DIFFRACTION	99.314
1.789-1.847	0.241	128	0.222	6087	X-RAY DIFFRACTION	99.4082
1.847-1.912	0.241	134	0.218	5887	X-RAY DIFFRACTION	99.6195
1.912-1.984	0.256	126	0.203	5678	X-RAY DIFFRACTION	99.6053
1.984-2.065	0.207	119	0.192	5481	X-RAY DIFFRACTION	99.5556
2.065-2.157	0.211	99	0.177	5249	X-RAY DIFFRACTION	99.6831
2.157-2.263	0.182	95	0.166	5058	X-RAY DIFFRACTION	99.845
2.263-2.385	0.199	87	0.163	4829	X-RAY DIFFRACTION	99.8375
2.385-2.53	0.165	89	0.164	4543	X-RAY DIFFRACTION	99.8922
2.53-2.704	0.197	94	0.162	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.8628
2.704-2.921	0.247	74	0.175	3989	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
2.921-3.199	0.248	65	0.175	3697	X-RAY DIFFRACTION	99.9734
3.199-3.577	0.164	76	0.164	3338	X-RAY DIFFRACTION	99.9415
3.577-4.129	0.154	58	0.143	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
4.129-5.056	0.184	44	0.143	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
5.056-7.144	0.165	42	0.203	1967	X-RAY DIFFRACTION	100
7.144-72.69	0.174	25	0.184	1134	X-RAY DIFFRACTION	99.8277

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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