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万見
- PDB-6xt3: Crystal structure of E.coli DsbA in complex with 3-(3-(carboxymet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xt3
タイトルCrystal structure of E.coli DsbA in complex with 3-(3-(carboxymethyl)-6-(3-methoxyphenyl)benzofuran-2-yl)benzoic acid
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / complex / disulfide oxidoreductase / fragments / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-VED / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wang, G. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1099151 オーストラリア
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Elaboration of a benzofuran scaffold and evaluation of binding affinity and inhibition of Escherichia coli DsbA: A fragment-based drug design approach to novel antivirulence compounds.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Dhouib, R. / Totsika, M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7764
ポリマ－42,3102
非ポリマー4662
水4,324240
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5572
ポリマ－21,1551
非ポリマー4021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2192
ポリマ－21,1551
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.110, 63.360, 74.694
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-384-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-VED / 3-[3-(carboxymethyl)-6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-2-yl]benzoic acid


分子量: 402.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→37.28 Å / Num. obs: 31068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 128817 / Scaling rejects: 152
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.0440.891864921820.6220.511.031.299.7
9.1-37.283.60.02812323440.9980.0170.03344.698.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk


解像度: 1.99→34.74 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1589 5.12 %
Rwork0.2028 29470 -
obs0.2043 31059 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.22 Å2 / Biso mean: 46.8608 Å2 / Biso min: 19.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 47 240 3160
Biso mean--68.42 48.25 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3644053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.595402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002531
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.99-2.050.32691190.321326502769
2.05-2.120.35981490.295826842833
2.12-2.210.28211640.270426282792
2.21-2.310.29491620.268926582820
2.31-2.430.28461630.229426382801
2.43-2.580.29391430.233927052848
2.58-2.780.23681140.220826872801
2.78-3.060.28341430.2126882831
3.06-3.50.21441680.191126602828
3.51-4.410.18611320.162527102842
4.42-34.740.17731320.173727622894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0638-0.33621.34933.67641.95894.06320.11660.3119-0.1697-0.2435-0.00580.17140.04760.3993-0.05490.3217-0.0697-0.0330.33-0.07740.318431.1124-9.83091.1692
21.8466-0.29870.55472.29571.25933.4015-0.10290.1139-0.133-0.19580.02530.0932-0.0770.21780.05320.2019-0.03930.00330.2315-0.00940.210533.9521-5.66459.8064
30.6349-0.1034-0.38952.2051-0.961.5456-0.12860.17540.5911-0.6503-0.24910.4232-0.7155-0.33760.37740.5530.1063-0.0350.3536-0.05180.60162.9739.463221.4079
41.49340.28590.02881.15691.82793.69940.05040.0493-0.02420.1362-0.12270.30110.0398-0.17870.12720.3379-0.00360.10150.2441-0.01680.49619.8972-7.880123.5151
52.40850.02652.56526.3161.12924.2851-0.0036-0.12580.5317-0.4114-0.39880.7178-0.023-0.60250.21450.37720.0219-0.0050.3518-0.01540.45972.4853-7.065118.797
65.82260.9366-0.78385.04050.81593.7137-0.12370.25-0.5656-0.7352-0.007-0.614-0.04290.10050.13940.271-0.04940.08130.2449-0.01760.3478.3786-20.748814.8
78.67222.06432.55744.51870.23162.0058-0.65220.5493-0.7102-0.94650.1777-0.10410.6531-0.70440.33840.3805-0.11630.06210.4739-0.08860.261-1.4495-27.497312.294
82.31040.7316-0.14255.73760.95292.831-0.03130.21730.7997-1.0581-0.03930.5666-0.8554-0.65480.08490.50490.142-0.05280.47310.08830.46270.4701-3.30912.9963
96.2993-1.65590.70978.4671-5.49214.91070.2546-0.1373-0.0095-0.6933-0.3161-0.608-0.0720.97980.23630.5734-0.04240.21650.3206-0.02550.503316.33034.926927.1785
102.45442.22530.92493.43550.65645.64440.1179-0.25770.351-0.0411-0.26170.3862-0.28-0.51430.20680.43950.02850.18730.2423-0.09310.62056.5393.508130.7473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 65 )A1 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 188 )A66 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 21 )B1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 22 through 49 )B22 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 50 through 65 )B50 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 66 through 114 )B66 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 115 through 128 )B115 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 129 through 161 )B129 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 162 through 170 )B162 - 170
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 171 through 188 )B171 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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