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- PDB-7l7c: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-(3-Methoxyphen... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l7c | ||||||
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Title | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-(3-Methoxyphenyl)benzofuran-3-yl)acetic acid | ||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Elaboration of a benzofuran scaffold and evaluation of binding affinity and inhibition of Escherichia coli DsbA: A fragment-based drug design approach to novel antivirulence compounds. Authors: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Dhouib, R. / Totsika, M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 207.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 136.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 764.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 766 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xspC ![]() 6xsqC ![]() 6xt3C ![]() 7l76C ![]() 7lhpC ![]() 1fvkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-XQ1 / [ | #3: Chemical | ChemComp-CU / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→36.94 Å / Num. obs: 41619 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6027 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.807 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1FVK Resolution: 1.8→34.86 Å / SU ML: 0.1943 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.6436 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→34.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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