PDB-6xst: Recombinant Beta-2-Glycoprotein I with putative membrane insertio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xst

タイトル

Recombinant Beta-2-Glycoprotein I with putative membrane insertion loop

要素

Beta-2-glycoprotein 1

キーワード

BLOOD CLOTTING / Plasma protein / antibody binding / antiphospholipid syndrome

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of triglyceride metabolic process / triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / chylomicron remodeling / platelet dense granule lumen / lipase binding / blood coagulation, intrinsic pathway / very-low-density lipoprotein particle remodeling / regulation of fibrinolysis / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Beta-2-Glycoprotein I and it's role in APS
著者: Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y.

履歴

登録	2020年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xst.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xst.ent.gz	115.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xst_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xst_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6xst_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6xst_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jikC 1qubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xsd-d 6v09-d 1qub-d 1c1z-d 6vt2-1 1ntj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-2-glycoprotein 1

ヘテロ分子

38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.188, 175.225, 113.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Beta-2-glycoprotein 1 / APC inhibitor / Activated protein C-binding protein / Anticardiolipin cofactor / Apolipoprotein H / ...

分子量: 36299.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOH, B2G1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02749

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes, pH 7.5, 1.8M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.91→100 Å / Num. obs: 34541 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.206 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.222 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 253404

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.91-3.01	7.2	2.61	3427	0.201	1.037	2.812	1	99.9
3.01-3.13	7.1	1.759	3410	0.401	0.703	1.898	0.998	99.4
3.13-3.28	7.7	1.174	3398	0.689	0.447	1.258	1.002	99.9
3.28-3.45	7.5	0.745	3417	0.858	0.286	0.799	1.002	99.9
3.45-3.67	7.3	0.433	3432	0.935	0.169	0.465	0.999	99.9
3.67-3.95	7.1	0.279	3430	0.964	0.11	0.3	0.998	99.3
3.95-4.35	7.7	0.178	3457	0.987	0.067	0.19	1	100
4.35-4.98	7.2	0.127	3447	0.99	0.05	0.136	0.998	99.5
4.98-6.27	7.6	0.099	3510	0.994	0.038	0.106	0.997	99.9
6.27-100	7	0.062	3613	0.998	0.025	0.067	1.001	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QUB

1qub

解像度: 2.92→87.61 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	1998	5.79 %
R_work	0.2255	32497	-
obs	0.2263	34495	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 189.82 Å² / B_iso mean: 88.6605 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.92→87.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2531	0	115	0	2646
B_iso mean	-	-	134.46	-	-
残基数	-	-	-	-	326

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.92-2.99	0.3815	131	0.396	2134	2265	93
2.99-3.07	0.3703	141	0.372	2290	2431	99
3.07-3.16	0.3499	143	0.368	2317	2460	100
3.16-3.26	0.3251	142	0.3187	2309	2451	100
3.26-3.38	0.2839	143	0.2899	2305	2448	100
3.38-3.52	0.3184	141	0.2587	2307	2448	100
3.52-3.68	0.2314	143	0.2354	2317	2460	100
3.68-3.87	0.2562	142	0.2248	2322	2464	99
3.87-4.11	0.1942	142	0.1904	2322	2464	100
4.11-4.43	0.1864	145	0.1688	2347	2492	100
4.43-4.88	0.1847	144	0.1645	2340	2484	100
4.88-5.58	0.1728	144	0.1671	2344	2488	99
5.58-7.03	0.2249	147	0.2066	2382	2529	100
7.03-87.61	0.2635	150	0.2448	2461	2611	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3009	1.2502	0.8717	0.5944	-0.0535	4.6337	-0.2542	0.1664	0.1532	-0.1555	0.2905	-0.1462	-0.8468	0.646	0	0.6713	-0.0456	0.007	0.6249	0.0444	0.6601	167.246	160.4414	92.0698
2	1.1998	0.0496	-0.1473	0.6937	1.0513	4.0132	-0.0358	-0.078	0.0849	-0.1217	-0.0131	-0.049	-0.1628	0.1903	0	0.6182	-0.1549	-0.0291	0.7133	0.0271	0.7583	174.3271	197.7462	120.2379
3	1.9332	1.734	3.0674	0.5833	1.4434	0.8354	0.1109	-0.6439	0.0617	-0.0153	-0.4068	0.0356	0.1057	-0.5228	-0.0007	0.9605	-0.3692	-0.0217	1.2817	-0.187	0.9278	193.6251	224.0093	154.675
4	2.7036	-2.2025	-2.6685	2.7282	2.1433	4.2559	0.0323	-0.0139	-0.0159	-0.249	-0.1454	-0.4656	0.4816	0.45	0	0.8466	-0.0478	0.012	0.8532	0.0454	0.8552	235.2547	231.1345	153.1088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 61 )	A	1 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 149 )	A	62 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 240 )	A	150 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 241 through 326 )	A	241 - 326

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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