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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xst | ||||||
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タイトル | Recombinant Beta-2-Glycoprotein I with putative membrane insertion loop | ||||||
![]() | Beta-2-glycoprotein 1 | ||||||
![]() | BLOOD CLOTTING / Plasma protein / antibody binding / antiphospholipid syndrome | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipoprotein lipase activator activity / triglyceride transport / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / blood coagulation, intrinsic pathway / T cell mediated immunity / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / chylomicron / regulation of fibrinolysis ...lipoprotein lipase activator activity / triglyceride transport / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / blood coagulation, intrinsic pathway / T cell mediated immunity / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / chylomicron / regulation of fibrinolysis / very-low-density lipoprotein particle / negative regulation of blood coagulation / high-density lipoprotein particle / negative regulation of endothelial cell migration / triglyceride metabolic process / plasminogen activation / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of angiogenesis / phospholipid binding / Platelet degranulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / lipid binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Beta-2-Glycoprotein I and it's role in APS 著者: Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36299.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes, pH 7.5, 1.8M Ammonium Sulfate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.91→100 Å / Num. obs: 34541 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.222 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 253404 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QUB 解像度: 2.92→87.61 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 189.82 Å2 / Biso mean: 88.6605 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.92→87.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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