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万見
- PDB-6xsd: Patient-derived B2GPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xsd
タイトルPatient-derived B2GPI
要素Beta-2-glycoprotein 1
キーワードBLOOD CLOTTING / Plasma protein / antibody binding / antiphospholipid syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein lipase activator activity / triglyceride transport / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / blood coagulation, intrinsic pathway / chylomicron / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / regulation of fibrinolysis / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...lipoprotein lipase activator activity / triglyceride transport / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / blood coagulation, intrinsic pathway / chylomicron / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / regulation of fibrinolysis / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / negative regulation of blood coagulation / triglyceride metabolic process / negative regulation of endothelial cell migration / plasminogen activation / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of angiogenesis / phospholipid binding / Platelet degranulation / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / lipid binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / Beta-2-glycoprotein-1 fifth domain / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-glycoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: B2-Glycoprotein I and it's role in APS
著者: Klenotic, P.A. / Yu, E.W.Y.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-glycoprotein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5915
ポリマ－36,3001
非ポリマー1,2914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.463, 167.566, 114.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-glycoprotein 1 / APC inhibitor / Activated protein C-binding protein / Anticardiolipin cofactor / Apolipoprotein H / ...APC inhibitor / Activated protein C-binding protein / Anticardiolipin cofactor / Apolipoprotein H / Apo-H / Beta-2-glycoprotein I / Beta(2)GPI


分子量: 36299.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02749
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes, pH 7.5, 1.8M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 50299 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.227 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.56-2.659.14.29449850.2491.4514.5391100
2.65-2.768.92.99949820.4341.0293.1750.999100
2.76-2.888.71.86549740.6420.651.9781100
2.88-3.047.91.13549800.7590.421.2130.99999.6
3.04-3.238.60.64949830.9150.2280.690.99999.9
3.23-3.479.20.37950120.9690.1290.4011100
3.47-3.828.90.21750200.9850.0750.231100
3.82-4.388.10.13550400.990.0490.1440.99999.9
4.38-5.518.40.09650740.9940.0340.1020.99999.8
5.51-508.40.06652490.9980.0230.071.00199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qub

1qub


解像度: 2.54→47.86 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 2003 3.99 %
Rwork0.225 48250 -
obs0.2253 50253 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.47 Å2 / Biso mean: 79.1212 Å2 / Biso min: 44.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 84 0 2614
Biso mean--117.72 --
残基数----326
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.54-2.610.42551330.40183206333994
2.61-2.680.41431420.379433963538100
2.68-2.750.36151410.36334873628100
2.76-2.840.30471380.333334053543100
2.84-2.950.31211450.315534183563100
2.95-3.060.32991440.29143439358399
3.06-3.20.29451360.266934413577100
3.2-3.370.2391370.265534413578100
3.37-3.580.2551440.233934503594100
3.58-3.860.24511440.210534743618100
3.86-4.250.2051460.17434693615100
4.25-4.860.15941430.157934773620100
4.86-6.120.17221470.17435273674100
6.12-47.860.22861630.226736203783100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6368-2.1272-0.84771.2970.8934.6943-0.1327-0.0504-0.2730.24770.0669-0.03930.61610.188700.6119-0.0244-0.0230.58360.00620.62987.761998.9861135.3282
21.22410.29861.58973.2698-0.26183.3841-0.1277-0.020.11440.0275-0.0152-0.0946-0.28890.118500.58860.1075-0.01890.6314-0.00390.68313.982669.3697114.4627
34.0980.7265-1.23682.51741.07732.74390.18490.5256-0.18290.14980.067-0.15810.33740.190300.76740.27330.0290.8486-0.08650.825120.071245.744686.9252
41.6238-1.4652-0.7521.97530.22410.93380.12090.2464-0.08780.0441-0.39750.2523-0.2185-0.7957-00.84410.23670.04131.0254-0.12020.769841.995431.704265.7078
53.25811.95813.87443.53312.31926.72210.07710.2367-0.08310.17890.0085-0.4943-0.28670.782700.81750.0504-0.00940.79640.01990.801877.058731.820474.3177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 60 )A1 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 118 )A65 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 181 )A123 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 241 )A186 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 245 through 326 )A245 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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