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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrs
タイトルCrystal structure of a GTP-binding protein EngA (Der homolog) from Neisseria gonorrhoeae bound to GDP
要素GTPase Der
キーワードHYDROLASE / GTPase / KH domain / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / STI / STD / conformational change / GTP-GDP sensing / double hydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis / GTP binding
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein EngA / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / K homology domain-like, alpha/beta / Small GTP-binding protein domain / ATPases associated with a variety of cellular activities ...GTP-binding protein EngA / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / K homology domain-like, alpha/beta / Small GTP-binding protein domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IODIDE ION / GTPase Der
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a GTP-binding protein EngA (Der homolog) from Neisseria gonorrhoeae bound to GDP
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase Der
B: GTPase Der
C: GTPase Der
D: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,93819
ポリマ－202,5944
非ポリマー3,34415
水1,946108
1
A: GTPase Der
C: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,98710
ポリマ－101,2972
非ポリマー1,6908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area33570 Å2
手法PISA
2
B: GTPase Der
D: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9519
ポリマ－101,2972
非ポリマー1,6547
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.160, 139.640, 127.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...
21(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...
31(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...
41(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...A16 - 17
121(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...A15 - 601
131(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...A15 - 601
141(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...A15 - 601
151(chain A and ((resid 16 through 17 and (name N...A15 - 601
211(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...B16 - 17
221(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...B15 - 601
231(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...B15 - 601
241(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...B15 - 601
251(chain B and ((resid 16 through 17 and (name N...B15 - 601
311(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...C16 - 17
321(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...C16 - 501
331(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...C16 - 501
341(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...C16 - 501
351(chain C and ((resid 16 through 17 and (name N...C16 - 501
411(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...D16 - 17
421(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...D15 - 501
431(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...D15 - 501
441(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...D15 - 501
451(chain D and ((resid 16 through 17 and (name N...D15 - 501

-
要素

#1: タンパク質
GTPase Der


分子量: 50648.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
株: NCCP11945 / 遺伝子: der, engA, NGK_0592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4RKD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: NegoA.00852.a.D11.PD38388 CID102204 at 3.75 mg/mL against a focus screen based off Morpheus B10 6% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.03 M NaF, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI, 0.1 M Bicine pH 8.6, ...詳細: NegoA.00852.a.D11.PD38388 CID102204 at 3.75 mg/mL against a focus screen based off Morpheus B10 6% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.03 M NaF, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI, 0.1 M Bicine pH 8.6, crystal tracking ID 315086f2, unique puck ID loy8-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.98 Å / Num. obs: 61091 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.209 % / Biso Wilson estimate: 58.184 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 12.65 / Num. measured all: 379292 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.876.3010.6483.2628215447844780.9010.707100
2.87-2.956.30.4854.1727525436943690.9330.529100
2.95-3.046.2940.3795.1226749425142500.9620.414100
3.04-3.136.2880.2956.3625691408640860.9770.322100
3.13-3.236.2950.2257.7725131399339920.9840.245100
3.23-3.356.270.1759.5624439389838980.9890.191100
3.35-3.476.2710.14210.9323335372137210.9920.155100
3.47-3.616.2610.12312.3822565360436040.9930.134100
3.61-3.786.2520.10913.4721608345834560.9950.11999.9
3.78-3.966.2230.09615.0120573330833060.9950.10599.9
3.96-4.176.1970.07917.4719595316331620.9960.087100
4.17-4.436.1810.07418.9118414298029790.9960.081100
4.43-4.736.1550.06720.317307281328120.9960.074100
4.73-5.116.1350.06820.4816233264926460.9960.07499.9
5.11-5.66.1360.06919.5514842242324190.9970.07599.8
5.6-6.266.1170.06819.2113537221722130.9970.07599.8
6.26-7.236.0590.06320.2111937197719700.9970.06999.6
7.23-8.855.9990.05322.989970167216620.9970.05899.4
8.85-12.525.840.05125.447761134313290.9980.05699
12.52-46.985.230.05124.238657807390.9950.05894.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dn8

5dn8


解像度: 2.8→46.98 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 3118 5.11 %
Rwork0.203 57908 -
obs0.2047 61026 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.59 Å2 / Biso mean: 59.6084 Å2 / Biso min: 20.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11607 0 233 108 11948
Biso mean--49.97 46.48 -
残基数----1560
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6732X-RAY DIFFRACTION10.691TORSIONAL
12B6732X-RAY DIFFRACTION10.691TORSIONAL
13C6732X-RAY DIFFRACTION10.691TORSIONAL
14D6732X-RAY DIFFRACTION10.691TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.840.33941500.278626192769100
2.84-2.890.33641310.260826262757100
2.89-2.940.28411450.246225712716100
2.94-2.990.32211360.244526042740100
2.99-3.050.26341110.253626172728100
3.05-3.110.31941250.277326312756100
3.11-3.180.27321390.24626272766100
3.18-3.260.24661070.22726382745100
3.26-3.340.26041490.219626002749100
3.34-3.430.23041330.207626142747100
3.43-3.530.24541340.200626352769100
3.53-3.640.22011830.20725812764100
3.64-3.770.26571600.201126022762100
3.77-3.920.26761330.206826272760100
3.92-4.10.22371540.181726332787100
4.1-4.320.18741350.166126152750100
4.32-4.590.19911330.157226682801100
4.59-4.940.18991400.155626422782100
4.94-5.440.21381630.177126392802100
5.44-6.220.2171710.219326372808100
6.22-7.830.24661330.224527372870100
7.84-46.980.21781530.19982745289897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2168-0.3598-0.97211.12630.36163.28050.06570.0531-0.0476-0.01490.07310.13050.0116-0.2425-0.06790.33250.06550.00150.32190.04680.295-56.95532.8355-85.9232
26.381.32431.79093.54110.40722.3646-0.09790.94050.099-0.1730.3515-0.0506-0.22750.0624-0.21970.3221-0.06040.02710.63630.01820.3059-22.819132.78-7.4415
32.04961.95380.42874.3223-0.28240.7517-0.27980.6675-0.3195-0.13390.3224-0.82080.06430.54190.08060.42680.00970.04790.8781-0.06750.5554-14.625825.7954-10.6273
41.7481-0.50510.00243.39020.91613.26830.0831-0.0269-0.2818-0.15590.1236-0.01560.1774-0.0185-0.19720.31970.0244-0.03810.30930.01150.3275-40.3438.0964-8.9309
55.8531-0.2764-0.08562.90350.40053.24850.18320.95050.3551-0.5242-0.00370.2949-0.0012-0.5229-0.27740.1938-0.1868-0.04880.55660.07810.2336-19.18830.2973-72.1257
64.3849-3.20493.43152.3547-2.49562.67920.45751.0291-0.2633-0.5231-0.3125-0.1324-0.34020.875-0.3460.5593-0.16630.02950.66130.00920.4134-29.787223.0815-79.3259
76.8771-0.17260.71084.19120.60674.1605-0.0142-0.83690.05720.37470.32220.0586-0.10610.1538-0.23180.4307-0.19320.08250.55920.10020.3273-20.313628.1043-66.1734
85.11010.22221.88334.95222.06983.14880.04410.27180.62720.0850.021-0.0591-0.65790.1501-0.02730.3425-0.05950.0230.38360.07440.3653-10.741339.9425-70.2587
96.21227.4959-3.52979.2624-4.60832.88430.1247-0.2086-1.0642-0.2547-0.207-1.05460.08680.74370.15170.48850.0324-0.14690.39850.10170.4373-10.909517.7268-71.4346
103.5261-3.08970.21768.38950.17236.0016-0.0901-0.5328-0.76781.14830.3260.49020.8121-0.1564-0.2370.6165-0.0155-0.06250.71010.20220.4531-32.47116.8224-54.9272
111.4608-0.1116-1.00780.88050.91323.87750.2499-0.8463-0.35980.48580.08190.33640.0394-0.0757-0.26090.3957-0.037-0.0730.45090.21390.4015-31.191112.856-61.7467
122.2562-1.16140.71973.54361.08574.36820.56370.2013-0.7691-0.5756-0.25080.61050.2644-0.3873-0.27610.52660.0355-0.21150.35620.03670.6017-37.60637.24-78.0047
136.87583.35891.12067.0026-0.76583.10150.00560.09280.43730.5027-0.2016-0.2512-0.31080.52250.17690.4774-0.112-0.07230.41910.0460.419-36.002548.4656-25.6893
144.32630.12611.0572.07340.763.07170.14430.30390.3123-0.4233-0.0042-0.1329-0.20510.1253-0.11180.37520.00110.06790.38960.08790.2564-58.993539.4183-33.6843
152.4257-0.6932-0.53361.36840.57984.5787-0.1305-0.5636-0.21340.27460.24070.07070.49330.224-0.10230.33370.052-0.00350.41560.08640.3327-63.046729.5657-15.7773
164.66381.76310.03996.4684-2.13222.46220.2578-0.09350.40910.7652-0.2717-0.1051-0.37890.24390.00160.4943-0.0724-0.00410.3102-0.03170.2992-31.549848.4382-88.4206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 167 through 447 )D167 - 447
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 151 )A15 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 191 )A152 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 192 through 447 )A192 - 447
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 15 through 37 )B15 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 59 )B38 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 97 )B60 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 98 through 166 )B98 - 166
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 167 through 191 )B167 - 191
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 192 through 235 )B192 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 236 through 287 )B236 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 288 through 447 )B288 - 447
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 16 through 166 )C16 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 167 through 287 )C167 - 287
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 288 through 447 )C288 - 447
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 15 through 166 )D15 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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