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- PDB-6xr5: Crystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) Cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xr5
タイトルCrystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
要素Diphosphomevalonate decarboxylase
キーワードLYASE / SSGCID / Diphosphomevalonate decarboxylase / Cryptococcus neoformans var. grubii / isopentenyl diphosphate biosynthesis / mevalonate pathway / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Diphosphomevalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphomevalonate decarboxylase
B: Diphosphomevalonate decarboxylase
C: Diphosphomevalonate decarboxylase
D: Diphosphomevalonate decarboxylase
E: Diphosphomevalonate decarboxylase
F: Diphosphomevalonate decarboxylase
G: Diphosphomevalonate decarboxylase
H: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,22227
ポリマ-351,2708
非ポリマー1,95319
63,9353549
1
A: Diphosphomevalonate decarboxylase
E: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4728
ポリマ-87,8172
非ポリマー6556
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
2
B: Diphosphomevalonate decarboxylase
G: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2076
ポリマ-87,8172
非ポリマー3894
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31300 Å2
手法PISA
3
C: Diphosphomevalonate decarboxylase
H: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2416
ポリマ-87,8172
非ポリマー4234
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
4
D: Diphosphomevalonate decarboxylase
F: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3037
ポリマ-87,8172
非ポリマー4855
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.510, 168.050, 101.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Diphosphomevalonate decarboxylase


分子量: 43908.727 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The distances between Thr207 and Ser209 in chain A, between Ala203 and Ser208 in chain B, C and E, between Lys 204 and Ser 208 in chain D, between Thr 207 and Gly 212 in chain F, between Gly ...詳細: The distances between Thr207 and Ser209 in chain A, between Ala203 and Ser208 in chain B, C and E, between Lys 204 and Ser 208 in chain D, between Thr 207 and Gly 212 in chain F, between Gly 206 and Ser 209 in chain G, and between Thr 207 and Ser 209 in chain H appear too long. The model was built in appropriate density, and the clone was sequenced. The authors therefore suspect a proteolytic cleavage in this area.
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類)
: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05125 / プラスミド: CrneC.18225.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VRT5, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C5H5N5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3549 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: igaku Reagents MCSG1 screen D1: 200mM ammonium sulfate, 25% (w/V) PEG 3350, 100mM Bis-Tris / HCl pH 6.5: CrneC.18225.a.B1.PS38378 at 20.79mg/ml + 4mM AMPPNP / MgCl2:: tray: 297436d1 cryo: 15% EG: puck ihw4-7.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.32 Å / Num. obs: 347919 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.732 % / Biso Wilson estimate: 26.612 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 16.05 / Num. measured all: 1298519 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.743.1320.4392.397887525799251840.8240.5397.6
1.74-1.793.6520.363.419149125091250490.9050.42299.8
1.79-1.843.8120.2934.439296024409243850.9450.34199.9
1.84-1.93.8160.2335.579044823725237050.9610.27199.9
1.9-1.963.8180.1787.338782723025230040.9770.20799.9
1.96-2.033.810.1379.438464822243222150.9850.15999.9
2.03-2.113.8050.11311.338170021487214690.9890.13299.9
2.11-2.193.8020.09513.477835920636206100.9910.1199.9
2.19-2.293.7990.08215.617518919815197930.9930.09599.9
2.29-2.43.7980.07117.497194618973189450.9950.08399.9
2.4-2.533.80.06419.346844418033180130.9950.07499.9
2.53-2.693.790.05521.966454617053170310.9960.06499.9
2.69-2.873.7640.04525.636018416009159900.9970.05399.9
2.87-3.13.7460.0428.635598614964149440.9980.04799.9
3.1-3.43.7340.03532.145123713743137200.9980.0499.8
3.4-3.83.7210.03135.294618312430124130.9980.03699.9
3.8-4.393.7420.02738.14122711027110180.9990.03299.9
4.39-5.383.7870.02539.0435098927492680.9990.0399.9
5.38-7.63.8170.02538.4527500720972050.9990.02899.9
7.6-48.323.7070.02240.7914671402039580.9990.02698.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1j20 as per Morda
解像度: 1.7→48.32 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1816 1941 0.56 %0
Rwork0.1563 345842 --
obs0.1564 347783 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.91 Å2 / Biso mean: 27.1943 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23413 0 118 3594 27125
Biso mean--33.92 33.96 -
残基数----3120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97634245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.569309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.740.26091350.258241452428098
1.74-1.790.30941340.22322467424808100
1.79-1.840.2421580.19712465424812100
1.84-1.90.2251080.17722471024818100
1.9-1.970.20571260.17122472524851100
1.97-2.050.20541400.17852469124831100
2.05-2.140.18941630.1542473724900100
2.14-2.250.17481240.14822475424878100
2.25-2.40.17531150.15372475524870100
2.4-2.580.15741180.16292478024898100
2.58-2.840.17781250.16082475124876100
2.84-3.250.19031630.15732476424927100
3.25-4.10.18251550.13432479324948100
4.1-48.320.14241770.13382490925086100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9296-0.2833-1.08570.5537-0.2372.55720.13030.11150.1799-0.05730.0475-0.0766-0.0647-0.0699-0.16830.0961-0.01450.0110.0498-0.03590.140713.42610.085936.2005
21.37170.2606-1.17980.5776-0.25191.88140.12660.02050.1643-0.0564-0.0155-0.0436-0.01470.0495-0.08520.13020.00930.00920.0925-0.02250.155617.9701-2.411330.6357
30.9235-1.07010.8371.3377-1.13341.045-0.16910.08860.37520.2059-0.0216-0.3061-0.1630.24880.18190.1414-0.0144-0.0210.2338-0.05690.214612.5336.047152.7034
40.8793-0.30520.09850.73960.04881.19820.0014-0.02090.0941-0.0148-0.01270.0301-0.0214-0.2487-0.01740.0892-0.01450.00150.1343-0.01090.1318-0.25915.446148.6296
52-5.50554.34166.92594.510220.25890.13160.1550.03230.0514-0.16990.68260.3186-0.31040.3848-0.01030.13290.35270.10930.412917.90927.521235.2642
61.55030.39350.22241.1334-0.88763.00350.0053-0.0738-0.04230.0867-0.0146-0.1334-0.03260.1884-0.00010.09240.0116-0.02040.049-0.03160.1243-0.1664-36.462713.6256
71.1701-0.25320.49260.8694-0.47451.33280.0171-0.09340.00030.0581-0.0224-0.1204-0.02670.09950.00980.1301-0.0105-0.0130.125-0.01810.14530.9467-36.306818.4802
81.41540.1368-0.41560.676-0.13041.3714-0.03610.0422-0.06-0.02810.04360.05750.0238-0.1490.00920.08180.0036-0.01480.1020.00650.1042-16.2786-39.5637-3.7368
91.65230.03781.68310.84490.03692.59540.1397-0.1627-0.26240.1551-0.0232-0.08930.3098-0.182-0.08390.1647-0.0441-0.00390.13890.05080.1804-8.0559-47.615721.5184
102.0072.00232.00131.9981.9982.00090.589-0.043-0.5046-0.05650.14610.166-0.52720.0804-0.74460.40650.1487-0.10380.45750.08830.61821.3838-45.154614.3102
111.8665-0.03641.62560.7175-0.9713.6160.0541-0.2097-0.07870.110.0838-0.0468-0.072-0.0032-0.10860.13140.03310.0010.1273-0.04670.108744.9086-42.85563.8238
122.0402-0.68981.77220.9642-1.02453.23880.05240.03290.01490.0605-0.0704-0.1454-0.24360.25810.04510.2083-0.01420.00680.2166-0.01380.167648.0483-39.16568.2858
130.60720.24840.66252.28430.61932.34430.112-0.19470.01260.1137-0.0489-0.0844-0.0823-0.2515-0.07670.12730.01050.00550.22650.07050.158130.3599-46.948656.3576
142.88860.8952-1.01931.6362-0.48192.60570.0103-0.14860.15850.09050.0810.0608-0.2652-0.1309-0.05160.14030.0419-0.01490.08830.00780.094533.3771-35.406245.1976
151.83790.4679-0.28091.2004-0.35551.6637-0.0388-0.2146-0.2069-0.00460.050.09360.1323-0.2264-0.00180.1092-0.0004-0.00920.12660.04580.139729.7271-51.220342.7972
161.2922-0.18980.37092.01770.16292.91610.1034-0.201-0.3834-0.0522-0.00430.06740.5674-0.1723-0.0850.2159-0.0291-0.00940.15030.06720.244430.1999-61.787142.5137
177.599-3.06192.8113.3612-1.89745.11350.1725-0.4795-0.62590.28660.1397-0.21080.4893-0.05-0.29090.2985-0.0272-0.11050.21230.0310.26346.5367-54.122373.371
181.30460.0668-0.32280.59580.78572.01650.0163-0.10490.09410.06220.01260.0663-0.0282-0.0018-0.04660.09420.00520.01670.03230.01910.120748.4962-0.053444.945
191.1963-0.4991-0.57360.97570.55991.43010.0299-0.04990.03370.0673-0.05260.08620-0.09010.03630.115-0.01210.01330.09290.00490.132946.3601-3.137247.9901
202.56891.38821.37430.93050.94780.99-0.1193-0.12240.4105-0.0961-0.02060.248-0.1006-0.11360.13870.14830.0062-0.00160.15350.0090.207751.23241.999426.3796
211.23830.14980.24430.63530.13931.112-0.04230.04720.0522-0.01290.048-0.0951-0.04290.21860.00060.0787-0.00740.01450.1072-0.00680.113866.11090.694225.6615
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312.79531.73272.59092.14231.16212.58580.0604-0.1364-0.01250.0802-0.2054-0.06510.4389-0.3720.14260.1869-0.01390.04130.4496-0.05420.4993-2.53619.416390.9595
320.79480.3564-0.70151.0534-0.24252.3524-0.00140.64850.1213-0.21680.0349-0.1832-0.04360.1683-0.02940.1582-0.01250.03180.46420.050.175458.4644-2.4272-12.0606
331.65760.0705-0.92511.8101-0.92931.1585-0.1160.4591-0.0765-0.2680.158-0.42220.16730.4863-0.03670.29210.01810.07570.8489-0.00430.314667.2918-4.1855-22.2233
341.56-0.47090.25540.9021-0.06761.45040.01340.45620.0155-0.1432-0.06590.03120.12030.06290.02990.1249-0.0210.00170.22010.00490.116150.2738-5.4111-2.1796
351.2881-0.00350.16161.0192-0.1881.1729-0.06580.43850.3872-0.0275-0.01630.0055-0.29330.0581-0.09240.158-0.0391-0.0070.23070.10870.209749.438712.90450.4868
360.78420.42760.86270.97610.02052.30440.11470.7582-0.017-0.2829-0.02850.1985-0.068-0.4498-0.03760.2110.0654-0.05790.6972-0.02410.1816-12.1544-37.2033-43.4642
371.73610.42780.87132.13470.3960.5368-0.06950.27240.0969-0.12960.16110.486-0.1995-0.852-0.10330.36160.1738-0.10921.25010.04580.3488-19.9792-35.3449-51.0719
380.74690.48531.07370.8189-0.1262.90780.11570.85350.1186-0.2682-0.10340.2598-0.5795-0.49170.02190.30440.1308-0.03020.63940.02740.2185-8.8374-30.1214-44.0573
391.9315-0.0438-0.10183.0236-0.86252.07150.07910.4663-0.0755-0.055-0.05880.15520.0035-0.21520.00920.1280.0120.01010.3166-0.08810.17910.1579-44.0303-34.9325
402.6291-1.2715-1.45742.1250.7783.12340.08190.27410.1855-0.08-0.0195-0.1132-0.2595-0.0294-0.07010.1167-0.0197-0.02250.13410.0230.0906-0.6666-32.5207-24.4491
412.5064-1.2686-0.80541.82360.78912.0182-0.07140.2764-0.25530.07540.01-0.02270.22240.09640.05840.1219-0.0099-0.00140.1484-0.02880.14841.0387-48.7044-22.6484
420.7990.5551-0.85433.15233.1676.1526-0.07990.1936-0.4598-0.0228-0.14160.23180.6511-0.24690.13720.36550.0182-0.03680.2242-0.05440.37782.4666-61.4811-25.8969
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461.3296-0.53180.06960.4169-0.10250.95150.00040.0254-0.00960.0048-0.00540.0334-0.0805-0.0047-0.00970.1208-0.0115-0.00210.09610.00790.142639.3034-33.441317.6136
470.9658-0.3116-0.26460.6378-0.04391.0232-0.01690.0218-0.168-0.0215-0.0304-0.02120.11470.2011-0.01460.1020.0085-0.00280.1240.00230.146949.0403-46.849818.8966
489.3544-2.95490.36318.3114-9.945220.19150.0991-0.19520.10870.09660.1682-0.7394-0.3669-0.27840.3992-0.13730.00940.3299-0.0690.594929.7024-46.29936.4686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 52 )A0 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 192 )A53 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 220 )A193 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 221 through 395 )A221 - 395
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 403 through 403 )A403
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 26 )B0 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 27 through 192 )B27 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 193 through 362 )B193 - 362
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 363 through 395 )B363 - 395
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 403 through 403 )B403
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 0 through 59 )C0 - 59
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 60 through 180 )C60 - 180
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 181 through 208 )C181 - 208
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 209 through 265 )C209 - 265
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 266 through 326 )C266 - 326
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 327 through 370 )C327 - 370
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 371 through 395 )C371 - 395
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 0 through 59 )D0 - 59
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 60 through 192 )D60 - 192
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 193 through 221 )D193 - 221
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 222 through 362 )D222 - 362
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 363 through 395 )D363 - 395
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 403 through 403 )D403
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 52 )E1 - 52
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 53 through 121 )E53 - 121
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 122 through 192 )E122 - 192
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 193 through 220 )E193 - 220
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 221 through 326 )E221 - 326
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 327 through 370 )E327 - 370
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 371 through 395 )E371 - 395
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 402 through 402 )E402
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 1 through 52 )F1 - 52
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 53 through 142 )F53 - 142
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 143 through 265 )F143 - 265
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 266 through 395 )F266 - 395
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 1 through 59 )G1 - 59
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 60 through 121 )G60 - 121
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 122 through 180 )G122 - 180
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 181 through 209 )G181 - 209
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 210 through 265 )G210 - 265
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 266 through 326 )G266 - 326
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 327 through 352 )G327 - 352
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 353 through 395 )G353 - 395
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 0 through 59 )H0 - 59
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 60 through 153 )H60 - 153
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 154 through 242 )H154 - 242
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 243 through 395 )H243 - 395
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 403 through 403 )H403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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