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Yorodumi- PDB-6xr5: Crystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) Cry... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xr5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A | ||||||
Components | Diphosphomevalonate decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / Diphosphomevalonate decarboxylase / Cryptococcus neoformans var. grubii / isopentenyl diphosphate biosynthesis / mevalonate pathway / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Diphosphomevalonate decarboxylase (MVD1) from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A Authors: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xr5.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xr5.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xr5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xr5_validation.pdf.gz | 528.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xr5_full_validation.pdf.gz | 551.2 KB | Display | |
Data in XML | 6xr5_validation.xml.gz | 142.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6xr5_validation.cif.gz | 214.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xr5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1j20S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43908.727 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The distances between Thr207 and Ser209 in chain A, between Ala203 and Ser208 in chain B, C and E, between Lys 204 and Ser 208 in chain D, between Thr 207 and Gly 212 in chain F, between Gly ...Details: The distances between Thr207 and Ser209 in chain A, between Ala203 and Ser208 in chain B, C and E, between Lys 204 and Ser 208 in chain D, between Thr 207 and Gly 212 in chain F, between Gly 206 and Ser 209 in chain G, and between Thr 207 and Ser 209 in chain H appear too long. The model was built in appropriate density, and the clone was sequenced. The authors therefore suspect a proteolytic cleavage in this area. Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_05125 / Plasmid: CrneC.18225.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: J9VRT5, diphosphomevalonate decarboxylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ADE / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: igaku Reagents MCSG1 screen D1: 200mM ammonium sulfate, 25% (w/V) PEG 3350, 100mM Bis-Tris / HCl pH 6.5: CrneC.18225.a.B1.PS38378 at 20.79mg/ml + 4mM AMPPNP / MgCl2:: tray: 297436d1 cryo: 15% EG: puck ihw4-7. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2018 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→48.32 Å / Num. obs: 347919 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.732 % / Biso Wilson estimate: 26.612 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 16.05 / Num. measured all: 1298519 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1j20 as per Morda Resolution: 1.7→48.32 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.91 Å2 / Biso mean: 27.1943 Å2 / Biso min: 8.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→48.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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