PDB-6xqy: Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xqy

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of PBP2 S310A from Neisseria gonorrhoeae at pH 9.5

要素

Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

キーワード

HYDROLASE / PBP2 / beta-lactam / antibiotic target / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fenton, B.A. / Zhou, P. / Davies, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mutations in PBP2 from ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae alter the dynamics of the beta 3-beta 4 loop to favor a low-affinity drug-binding state.
著者: Fenton, B.A. / Tomberg, J. / Sciandra, C.A. / Nicholas, R.A. / Davies, C. / Zhou, P.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6xqy.ent.gz	209.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xqy_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xqy_full_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示
XML形式データ	6xqy_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	6xqy_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xqvC 6xqxC 6xqzC 6p53S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p52-2 6xqv-2 6p53-1 6p52-1 6p54-2 1mkq-d 4nvg-d 1sbm-d 1kok-d 6xqz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.940, 76.550, 87.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.636, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	236 - 241	2 - 7
1	2	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	243 - 282	9 - 48
1	3	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	296 - 310	49 - 63
1	4	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	313 - 344	66 - 97
1	5	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	346 - 355	99 - 108
1	6	GLY	GLY	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	357 - 408	110 - 161
1	7	TRP	TRP	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	410 - 471	163 - 224
1	8	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	473 - 489	226 - 242
1	9	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	491 - 503	244 - 256
1	10	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	513 - 527	266 - 280
1	11	VAL	VAL	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	529 - 543	282 - 296
1	12	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	545 - 566	298 - 319
1	13	PRO	PRO	THR	THR	(chain 'A' and (resid 236 through 241 or resid 243...	A	A	568 - 573	321 - 326
2	1	MET	MET	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	236 - 241	2 - 7
2	2	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	243 - 282	9 - 48
2	3	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	296 - 310	49 - 63
2	4	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	313 - 344	66 - 97
2	5	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	346 - 355	99 - 108
2	6	GLY	GLY	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	357 - 408	110 - 161
2	7	TRP	TRP	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	410 - 471	163 - 224
2	8	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	473 - 489	226 - 242
2	9	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	491 - 503	244 - 256
2	10	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	513 - 527	266 - 280
2	11	VAL	VAL	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	529 - 543	282 - 296
2	12	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	545 - 566	298 - 319
2	13	PRO	PRO	THR	THR	(chain 'B' and (resid 236 through 241 or resid 243...	B	B	568 - 573	321 - 326

#1: タンパク質	Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2 分子量: 35284.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: penA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 13% PEG 400, 50 mM KCl, 12.5 mM Tris, 12.5 mM Bis-Tris, 25 mM sodium acetate (pH 9.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.92 Å / Num. obs: 46696 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.32 Å² / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4690 / R_rim(I) all: 0.661 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	1.17.1_3660	位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P53

6p53

解像度: 1.9→44.92 Å / SU ML: 0.1965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4315
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	2333	5 %
R_work	0.1645	44337	-
obs	0.1661	46670	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4872	0	1	142	5015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	5061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9022	6874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0564	769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	902
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.7086	1893

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.2828	138	0.2299	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.94-1.98	0.284	136	0.2177	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.98-2.03	0.281	135	0.2085	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.03-2.08	0.2579	135	0.2144	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.08-2.13	0.2438	133	0.1997	2518	X-RAY DIFFRACTION	96.12
2.13-2.2	0.2303	136	0.1943	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.2-2.27	0.223	138	0.1755	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.27-2.35	0.2232	138	0.181	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.35-2.44	0.2689	137	0.1761	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.44-2.55	0.2097	138	0.1695	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.55-2.69	0.2055	138	0.1732	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.69-2.86	0.2408	138	0.1699	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.86-3.08	0.1851	135	0.1817	2573	X-RAY DIFFRACTION	98.47
3.08-3.39	0.1974	140	0.1736	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.39-3.88	0.1833	138	0.1537	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.88-4.88	0.1602	139	0.1354	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.88-44.92	0.1617	141	0.1499	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37198051313	-0.794423575643	-0.227548897554	1.83563292401	0.124379161037	1.82357212833	0.0413630210162	0.141923895161	-0.0671925938601	-0.341473697233	-0.0658944571826	-0.0251460942503	0.0652672182803	-0.0174269402707	0.000128764300615	0.345564457642	-0.0302215058808	-0.00661128842807	0.26333057777	-0.0195493594927	0.274537659894	18.0244645963	-9.421733023	8.14175384891
2	1.70458679368	-0.619186008106	-0.0641884463502	0.838949412115	0.387302672012	0.425526363709	0.353527433428	0.374553885369	-0.317851352075	-0.871064888543	-0.415396583152	-0.16173661977	0.174241947738	0.0526207784474	-0.0476141684675	0.636405371563	0.0505695646008	0.0128158204183	0.357135055648	-0.0402225781297	0.342872247344	19.7676149352	-11.953786606	-3.97829619095
3	0.634492774984	0.654618919491	0.23002659411	0.890546261795	-0.189898860137	1.3556883948	0.116843498531	-0.488897953746	-0.196914802531	0.512177563166	-0.0240024455413	0.243916955359	0.253072102083	-0.241417065369	0.000270272651647	0.433068940457	-0.0433128432763	0.103162650702	0.429389284549	0.0186657634289	0.369307228326	0.689511066997	0.0333654617681	50.701141945
4	0.610659329461	-0.368787968028	-0.0464360309975	1.44702763616	-0.121993645042	1.50756271347	-0.0232904563602	-0.0315119526756	0.0666429570567	-0.118908473893	0.0137883258378	0.150340674013	-0.0680510193484	-0.214565056349	-1.31267014713E-5	0.218175841527	0.018930793972	-0.00520525938878	0.307095629873	-0.0153427373963	0.304755655913	7.04465815261	12.8835549523	30.0309137524
5	0.967201357176	-0.0168003408367	-0.508123683194	1.74724057257	0.438730644685	1.74772583552	-0.030158536513	-0.119716862116	0.0690903322294	0.106833269569	0.0275939063626	-0.0323167548993	0.000823700302444	0.0512843460512	-3.0301652663E-5	0.165320270844	0.00731166758241	-0.0176069699097	0.280385085057	-0.0266315486292	0.277055175737	11.0893944363	7.29717378848	35.9195047688
6	0.0328372496243	0.0234062277181	-0.102838543774	0.232651862561	-0.0379595629244	0.351282781604	-0.107018271713	-0.0704372013078	-0.107824550398	0.224878970705	0.0411991723065	0.172962002579	-0.137319982411	-0.163774154636	-0.054023850251	0.203330524992	0.0125618684094	0.0470659609842	0.402028481258	-0.0487077291089	0.402331451009	-5.41940655756	8.94768544569	36.2123847415
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 236 through 494 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 495 through 573 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 236 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 282 through 405 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 406 through 494 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 495 through 522 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 523 through 544 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 545 through 574 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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