PDB-6xqc: UbKEKS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xqc

タイトル

UbKEKS

要素

Polyubiquitin-B

キーワード

PROTEIN BINDING / Ubiquitin / alternative protein / post-translational modification

機能・相同性

機能・相同性情報

modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Delattre, P. / Letourneau, D. / Lavigne, P. / Roucou, X. / Boisvert, F.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of UbKEKS
著者: Delattre, P. / Letourneau, D. / Roucou, X. / Boisvert, F.M. / Lavigne, P.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xqc.cif.gz	244.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xqc.ent.gz	200.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xqc_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xqc_full_validation.pdf.gz	772.4 KB	表示
XML形式データ	6xqc_validation.xml.gz	63.5 KB	表示
CIF形式データ	6xqc_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k9p-d 4pzo-6 3hm3-2 4y1h-d 1doq-d 4pig-4 1hg7-d 2bzx-d 3wwv-d 4wzp-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 50330

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyubiquitin-B

8.55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8551.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) / 参照: UniProt: J3QS39

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	isotropic	1	3D HNCO
1	6	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	7	2	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	2	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 90% H2O/10% D2O	15N_13C_sample	90% H2O/10% D2O
solution	2	500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 100% D2O	15N_13C_sample	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
500 uM	UbKEKS	[U-13C; U-15N]	1
500 uM	UbKEKS	[U-13C; U-15N]	2

試料状態

詳細: 50 mM Sodium/potassium phosphate 50 mM NaCl / イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 5 / Label: standard_conditions / pH: 7.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.6	Bruker Biospin	解析
ARIA2alpha		Aria	structure calculation
CcpNmr Analysis		CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis		CCPN	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)