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- PDB-6xq3: Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xq3
タイトルReceptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-(((3-(4-Carboxyphenoxy)benzyl)oxy)methyl)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAGE / IG-like domain / receptor / Advanced Glycation End Products
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of dendritic cell differentiation ...regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / scavenger receptor activity / induction of positive chemotaxis / transcytosis / protein localization to membrane / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of spontaneous synaptic transmission / laminin receptor activity / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / transport across blood-brain barrier / negative regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of synaptic plasticity / fibrillar center / response to wounding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of interleukin-6 production / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / postsynapse / molecular adaptor activity / learning or memory / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-V6Y / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Salay, L.E. / Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI101171 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to discovery of Receptor for Advanced Glycation End products inhibitors.
著者: Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Salay, L.E. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52021年12月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.62023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,48812
ポリマ－46,2632
非ポリマー2,22510
水4,612256
1
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,97624
ポリマ－92,5264
非ポリマー4,45020
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation2_454-y-1,x-y,z-1/31
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/31
Buried area11070 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area38550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.475, 102.475, 101.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYMETMET(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA20 - 221 - 3
12ASNASNGLUGLU(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA25 - 596 - 40
13LYSLYSASNASN(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA62 - 11243 - 93
14VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA115 - 12996 - 110
15LEULEUCYSCYS(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA133 - 144114 - 125
16GLUGLUGLYGLY(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA147 - 170128 - 151
17VALVALGLNGLN(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA173 - 176154 - 157
18HISHISTHRTHR(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA180 - 187161 - 168
19SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA190 - 207171 - 188
110PROPROGLUGLU(chain 'A' and (resid 20 through 23 or resid 25...AA212 - 231193 - 212
211GLYGLYMETMET(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB20 - 221 - 3
212ASNASNGLUGLU(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB25 - 596 - 40
213LYSLYSASNASN(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB62 - 11243 - 93
214VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB115 - 12996 - 110
215LEULEUCYSCYS(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB133 - 144114 - 125
216GLUGLUGLYGLY(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB147 - 170128 - 151
217VALVALGLNGLN(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB173 - 176154 - 157
218HISHISTHRTHR(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB180 - 187161 - 168
219SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB190 - 207171 - 188
220PROPROGLUGLU(chain 'B' and (resid 20 through 23 or resid 25...BB212 - 231193 - 212

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 23131.494 Da / 分子数: 2 / 断片: VC1 domain, resdues 23-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-V6Y / 3-(3-{[3-(4-carboxyphenoxy)phenyl]methoxy}phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 479.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H21NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M NaOAc (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 66015 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.89 / Num. unique obs: 6560 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LP4

4lp4


解像度: 1.71→40.68 Å / SU ML: 0.1766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.2833
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 3191 4.92 %
Rwork0.1916 61705 -
obs0.193 64896 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 162 256 3570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01813539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76614865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1081505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6559514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.730.26051300.21822475X-RAY DIFFRACTION92.08
1.73-1.760.27061330.20872728X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.25211460.20382695X-RAY DIFFRACTION99.93
1.79-1.820.27451350.19422712X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.850.25131640.20712692X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.20521360.19092701X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.21291500.19242727X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.970.21071320.1892697X-RAY DIFFRACTION99.93
1.97-2.010.19811320.20022713X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.060.24931500.20042711X-RAY DIFFRACTION99.97
2.06-2.120.20181160.19472716X-RAY DIFFRACTION99.86
2.12-2.180.20821440.18542718X-RAY DIFFRACTION99.83
2.18-2.250.25161380.20462708X-RAY DIFFRACTION99.51
2.25-2.330.26421360.20312709X-RAY DIFFRACTION99.55
2.33-2.430.26621350.20992693X-RAY DIFFRACTION99.4
2.43-2.540.25951240.20892711X-RAY DIFFRACTION99.06
2.54-2.670.2521770.21732634X-RAY DIFFRACTION99.05
2.67-2.840.21011250.20092721X-RAY DIFFRACTION98.58
2.84-3.060.26771710.21722628X-RAY DIFFRACTION98.14
3.06-3.370.2151340.20862682X-RAY DIFFRACTION98.02
3.37-3.850.1781200.17592687X-RAY DIFFRACTION97.7
3.85-4.850.15441420.1552659X-RAY DIFFRACTION96.79
4.85-40.680.22361210.17192588X-RAY DIFFRACTION92.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.7982365932 Å / Origin y: -17.7285693463 Å / Origin z: 19.9231526251 Å
111213212223313233
T0.246470228723 Å20.0581238147816 Å20.0232678710907 Å2-0.1760375154 Å2-0.0429113970375 Å2--0.194099115043 Å2
L0.186631196685 °20.0340578490325 °20.13240803474 °2-0.130985052281 °2-0.252188400889 °2--0.373098163165 °2
S0.0163779079086 Å °-0.023298177043 Å °0.0281455544159 Å °-0.0300329971503 Å °0.0415741066576 Å °-0.0468148569074 Å °-0.0575522774437 Å °0.108602320015 Å °-0.0571954101461 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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