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- PDB-6xpi: CutR flat hexamer, form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpi
タイトルCutR flat hexamer, form 1
要素Ethanolamine utilization protein EutS
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / BMC
機能・相同性Bacterial microcompartment shell protein EutS/PduU/CutR / bacterial microcompartment / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Bacterial microcompartment shell protein CutR
機能・相同性情報
生物種Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ochoa, J.M. / Sawaya, M.R. / Nguyen, V.N. / Duilio, C. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Symmetry breaking and structural polymorphism in a bacterial microcompartment shell protein for choline utilization.
著者: Ochoa, J.M. / Nguyen, V.N. / Nie, M. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein EutS
B: Ethanolamine utilization protein EutS
C: Ethanolamine utilization protein EutS
D: Ethanolamine utilization protein EutS
E: Ethanolamine utilization protein EutS
F: Ethanolamine utilization protein EutS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4886
ポリマ－79,4886
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes at molecular weight consistent with other BMC hexamers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16760 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.360, 76.140, 67.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ethanolamine utilization protein EutS


分子量: 13247.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1654_00416 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2IV13

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M BIS-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→63.91 Å / Num. obs: 17277 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.024 % / Biso Wilson estimate: 76.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 10.31 / Num. measured all: 69528 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.674.1391.4391.045281134812760.7471.6594.7
2.67-2.744.1110.8751.525155132412540.9461.00594.7
2.74-2.824.1410.7571.735193131612540.9530.86795.3
2.82-2.914.0990.6662.034833125111790.930.76694.2
2.91-34.0740.5582.344697123611530.9530.64193.3
3-3.114.0380.3363.424381117810850.9880.38792.1
3.11-3.224.0390.2634.434193113110380.990.30391.8
3.22-3.363.9170.2115.15374510899560.990.24487.8
3.36-3.513.8690.1367.9336210588690.9940.15882.1
3.51-3.684.070.1049.84402910209900.9970.1297.1
3.68-3.884.0910.08312.6837849609250.9980.09696.4
3.88-4.114.0390.06814.8935309148740.9980.07895.6
4.11-4.393.950.05119.2531848458060.9990.0695.4
4.39-4.754.010.04124.5130728057660.9990.04895.2
4.75-5.23.8740.04523.127167547010.9980.05293
5.2-5.814.0050.04923.123396555840.9980.05689.2
5.81-6.713.7240.04323.7617805954780.9980.05180.3
6.71-8.223.8930.03132.3618615114780.9990.03693.5
8.22-11.633.9870.02438.1415353933850.9990.02898
11.63-63.913.7960.02333.7385823422610.02796.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å63.91 Å
Translation2.3 Å63.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XPK

6xpk


解像度: 2.6→63.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.325
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 1728 10 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2049 17276 93.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 157.87 Å2 / Biso mean: 105.52 Å2 / Biso min: 77.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.1003 Å20 Å2-10.5739 Å2
2---56.7905 Å20 Å2
3---39.6901 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.83 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→63.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 0 0 4808
残基数----649
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4880HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion722SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4105SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4880HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6653HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.79
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 35 10.12 %
Rwork0.2863 311 -
all0.3065 346 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.705-1.0626-1.67341.02390.66754.9719-0.024-0.03710.0214-0.2512-0.0193-0.04890.0531-0.78450.0433-0.1297-0.07870.05430.07260.0201-0.1333-2.22530.390636.8009
24.1018-1.5566-0.46450.6359-0.80263.6915-0.10140.53350.1230.0992-0.0037-0.22450.275-0.67670.105-0.1343-0.06180.01210.1118-0.1016-0.13550.6991.059716.5233
33.0374-1.2766-0.4010.7161-1.45034.5707-0.13140.68840.00620.2393-0.1509-0.10750.04270.11590.2824-0.0852-0.03690.03170.1066-0.072-0.105719.6371-0.0429.005
44.5151.0085-2.61930.7379-1.07836.7768-0.1894-0.0594-0.12550.1063-0.00240.05940.07071.21460.1917-0.21470.08820.00390.223-0.0172-0.208735.5454-2.042321.5821
54.44781.303-0.30580.73440.23052.7572-0.3886-0.66970.0346-0.0210.11370.21460.21820.87110.2749-0.16960.19210.02350.3520.1262-0.296432.4049-3.232241.5216
64.03660.5406-1.328600.98844.6584-0.1591-0.7944-0.0131-0.1954-0.07060.13360.12930.41980.2297-0.07370.07580.06020.06940.0881-0.148713.7326-1.836949.5326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A9 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B9 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C9 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D9 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E8 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F9 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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