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万見
- PDB-6xp5: Head-Middle module of Mediator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xp5
タイトルHead-Middle module of Mediator
要素
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 12
  • HEAT
  • Med22
  • Unknown peptide
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / : / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med14 / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Uncharacterized protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Uncharacterized protein / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang, H.Q. / Chen, D.C. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Mediator structure and conformation change.
著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg /
要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
Z: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
V: Med22
a: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
b: Unknown peptide
c: HEAT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,87915
ポリマ－568,87915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 12種, 12分子 UDFGINQZHKRa

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21


分子量: 15718.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029550 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S8E0
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator complex subunit 4


分子量: 37924.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED4, CTHT_0037540 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7Z4
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6


分子量: 36470.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED6, CTHT_0067530 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGT8
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7


分子量: 27738.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0064270 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SEM4
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Mediator complex subunit 9


分子量: 18325.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED9, CTHT_0016410 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S292
#6: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator complex subunit 14


分子量: 133450.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057660 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCL5
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17


分子量: 69616.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED17, CTHT_0014540 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S1R5
#8: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量: 14486.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0015060 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S1W4
#9: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8


分子量: 32098.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED8, CTHT_0058900 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCZ3
#10: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 25504.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED11, CTHT_0068270 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SH09
#11: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18


分子量: 38725.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED18, CTHT_0007510 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RYQ4
#13: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator complex subunit 1


分子量: 81633.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063280 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SEC7

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タンパク質 , 2種, 2分子 Vc

#12: タンパク質 Med22


分子量: 18341.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0021510 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3J8
#15: タンパク質 HEAT


分子量: 17038.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 b

#14: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063280 / 発現宿主: Chaetomium thermophilum (菌類)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Head-Middle module of Mediator / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108348 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00321402
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75829064
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.3863049
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443415
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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