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万見
- PDB-6xor: Structure of the Self-Association Domain of Swallow -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xor
タイトルStructure of the Self-Association Domain of Swallow
要素Protein swallow
キーワードRNA BINDING PROTEIN / coiled coil / self-association domain
機能・相同性
機能・相同性情報


pole plasm mRNA localization / bicoid mRNA localization / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / anterior/posterior axis specification, embryo / dynein complex binding / actin filament organization / cell division / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Loening, N.M. / Barbar, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1617019 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1617019 Amendment No. 1 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of the self-association domain of swallow.
著者: Loening, N.M. / Barbar, E.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein swallow
B: Protein swallow


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1192
ポリマ－17,1192
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3750 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10790 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein swallow


分子量: 8559.464 Da / 分子数: 2 / 変異: R224E, K244I, C253D, C265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: swa, CG3429 / プラスミド: Champion pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40688

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-13C NOESY
152isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
162isotropic33D 1H-13C NOESY
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic33D HN(COCA)CB
1161isotropic13D HN(CA)CO
1151isotropic23D HNCO
1141isotropic23D C(CO)NH
1131isotropic23D H(CCO)NH
1121isotropic43D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Residues 205-275 of Swallow, 10 mM sodium chloride, 20 mM MES, 1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 95% H2O/5% D2O13C,15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Residues 205-275 of Swallow, 10 mM sodium chloride, 20 mM MES, 1 mM sodium azide, 0.2 mM DSS, 0.4 mM unlabeled Residues 205-275 of Swallow, 95% H2O/5% D2O13C,15N_mixed_sample95% H2O/5% D2O50% 13C/15N labeled protein, 50% unlabeled protein
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMResidues 205-275 of Swallow[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMMESnatural abundance1
1 mMsodium azidenatural abundance1
0.2 mMDSSnatural abundance1
0.4 mMResidues 205-275 of Swallow[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMMESnatural abundance2
1 mMsodium azidenatural abundance2
0.2 mMDSSnatural abundance2
0.4 mMunlabeled Residues 205-275 of Swallownatural abundance2
試料状態イオン強度: 30 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7004
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.21Brunger A. T. et.al.精密化
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.5CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.5CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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