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- PDB-6xob: CryoEM structure of Eastern Equine Encephalitis (EEEV) VLP with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xob
タイトルCryoEM structure of Eastern Equine Encephalitis (EEEV) VLP with Fab EEEV-143.
要素
  • (Togavirin) x 3
  • EEEV-143 Fab heavy chain
  • EEEV-143 Fab light chain
キーワードVirus/Immune System / VLP / Fab / EEEV / VIRAL PROTEIN / Virus-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Binshtein, E. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-13-1-0034 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Human Antibodies Protect against Aerosolized Eastern Equine Encephalitis Virus Infection.
著者: Lauren E Williamson / Theron Gilliland / Pramod K Yadav / Elad Binshtein / Robin Bombardi / Nurgun Kose / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Clarissa L Durie / Erica Armstrong / Robert H ...著者: Lauren E Williamson / Theron Gilliland / Pramod K Yadav / Elad Binshtein / Robin Bombardi / Nurgun Kose / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Clarissa L Durie / Erica Armstrong / Robert H Carnahan / Lauren M Walker / Arthur S Kim / Julie M Fox / Michael S Diamond / Melanie D Ohi / William B Klimstra / James E Crowe /
要旨: Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is one of the most virulent viruses endemic to North America. No licensed vaccines or antiviral therapeutics are available to combat this infection, which has ...Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is one of the most virulent viruses endemic to North America. No licensed vaccines or antiviral therapeutics are available to combat this infection, which has recently shown an increase in human cases. Here, we characterize human monoclonal antibodies (mAbs) isolated from a survivor of natural EEEV infection with potent (<20 pM) inhibitory activity of EEEV. Cryo-electron microscopy reconstructions of two highly neutralizing mAbs, EEEV-33 and EEEV-143, were solved in complex with chimeric Sindbis/EEEV virions to 7.2 Å and 8.3 Å, respectively. The mAbs recognize two distinct antigenic sites that are critical for inhibiting viral entry into cells. EEEV-33 and EEEV-143 protect against disease following stringent lethal aerosol challenge of mice with highly pathogenic EEEV. These studies provide insight into the molecular basis for the neutralizing human antibody response against EEEV and can facilitate development of vaccines and candidate antibody therapeutics.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22277
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Togavirin
B: Togavirin
C: Togavirin
D: Togavirin
E: Togavirin
F: Togavirin
G: Togavirin
H: Togavirin
I: Togavirin
J: Togavirin
K: Togavirin
L: Togavirin
M: EEEV-143 Fab heavy chain
N: EEEV-143 Fab light chain
O: EEEV-143 Fab heavy chain
P: EEEV-143 Fab light chain
Q: EEEV-143 Fab heavy chain
R: EEEV-143 Fab light chain
S: EEEV-143 Fab heavy chain
T: EEEV-143 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,49220
ポリマ－682,49220
非ポリマー00
水00
1
A: Togavirin
B: Togavirin
C: Togavirin
D: Togavirin
E: Togavirin
F: Togavirin
G: Togavirin
H: Togavirin
I: Togavirin
J: Togavirin
K: Togavirin
L: Togavirin
M: EEEV-143 Fab heavy chain
N: EEEV-143 Fab light chain
O: EEEV-143 Fab heavy chain
P: EEEV-143 Fab light chain
Q: EEEV-143 Fab heavy chain
R: EEEV-143 Fab light chain
S: EEEV-143 Fab heavy chain
T: EEEV-143 Fab light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,949,4951200
ポリマ－40,949,4951200
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Togavirin
B: Togavirin
C: Togavirin
D: Togavirin
E: Togavirin
F: Togavirin
G: Togavirin
H: Togavirin
I: Togavirin
J: Togavirin
K: Togavirin
L: Togavirin
M: EEEV-143 Fab heavy chain
N: EEEV-143 Fab light chain
O: EEEV-143 Fab heavy chain
P: EEEV-143 Fab light chain
Q: EEEV-143 Fab heavy chain
R: EEEV-143 Fab light chain
S: EEEV-143 Fab heavy chain
T: EEEV-143 Fab light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.41 MDa, 100 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,412,458100
ポリマ－3,412,458100
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Togavirin
B: Togavirin
C: Togavirin
D: Togavirin
E: Togavirin
F: Togavirin
G: Togavirin
H: Togavirin
I: Togavirin
J: Togavirin
K: Togavirin
L: Togavirin
M: EEEV-143 Fab heavy chain
N: EEEV-143 Fab light chain
O: EEEV-143 Fab heavy chain
P: EEEV-143 Fab light chain
Q: EEEV-143 Fab heavy chain
R: EEEV-143 Fab light chain
S: EEEV-143 Fab heavy chain
T: EEEV-143 Fab light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.09 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,094,949120
ポリマ－4,094,949120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Togavirin


分子量: 47961.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678, togavirin
#2: タンパク質
Togavirin


分子量: 47047.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678, UniProt: Q4QXJ7*PLUS, togavirin
#3: タンパク質
Togavirin


分子量: 29193.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678, UniProt: Q4QXJ7*PLUS, togavirin
#4: 抗体
EEEV-143 Fab heavy chain


分子量: 23251.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体
EEEV-143 Fab light chain


分子量: 23169.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: blot time 2.5s blot force 9

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4800

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13FREALIX３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3600
3次元再構成解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00438264
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.78852468
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.20411964
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0456232
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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