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万見
- PDB-6xo2: Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xo2
タイトルStructural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Tetranychus Urticae (two-spotted spider mite)
要素Beta-cyanoalanine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Beta Cyanoalanine Synthase / PLP. two-spotted spider mite
機能・相同性cysteine biosynthetic process / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / cytoplasm / ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Beta-cyanoalanine synthase
機能・相同性情報
生物種Tetranychus urticae (なみはだに)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Daneshian, L. / Schlachter, C. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)2020-67014-31179 米国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterization of beta-cyanoalanine synthase from Tetranychus urticae.
著者: Daneshian, L. / Renggli, I. / Hanaway, R. / Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Hernandez Arriaza, R. / Henry, S. / Prakash, R. / Wybouw, N. / Dermauw, W. / Shimizu, L.S. / Van Leeuwen, T. / ...著者: Daneshian, L. / Renggli, I. / Hanaway, R. / Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Hernandez Arriaza, R. / Henry, S. / Prakash, R. / Wybouw, N. / Dermauw, W. / Shimizu, L.S. / Van Leeuwen, T. / Makris, T.M. / Grbic, V. / Grbic, M. / Chruszcz, M.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-cyanoalanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8233
ポリマ－34,5171
非ポリマー3062
水5,224290
1
A: Beta-cyanoalanine synthase
ヘテロ分子

A: Beta-cyanoalanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6476
ポリマ－69,0352
非ポリマー6124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5430 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.376, 64.376, 143.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

HOH

21A-959-

HOH

31A-1072-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-cyanoalanine synthase


分子量: 34517.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに)
遺伝子: 107363798 / プラスミド: pMCSG35 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KF23
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Ammonium Chloride, 12% PEG 3350, pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 40447 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 33.5 / Net I/σ(I): 41.05
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1971 / CC1/2: 0.757 / CC star: 0.928 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.763 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6pmu

6pmu


解像度: 1.6→38.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.522 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1895 1918 4.8 %RANDOM
Rwork0.1645 ---
obs0.1656 38452 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.15 Å2 / Biso mean: 29.786 Å2 / Biso min: 18.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→38.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2183 0 19 290 2492
Biso mean--33.61 46.37 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0172102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.6453058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.461.5754893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0465295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46623.64696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8621510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02427
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 112 -
Rwork0.234 2793 -
all-2905 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37150.30170.07750.7308-0.04270.4865-0.00220.0823-0.05870.01020.018-0.05840.0409-0.0814-0.01580.01-0.01050.00020.0503-0.01030.009726.909719.515532.3287
20.16020.136-0.08961.2168-0.44320.883-0.03360.0955-0.0074-0.07560.08270.07090.019-0.1894-0.04920.0221-0.0044-0.00810.12030.0090.018321.22826.952919.1262
31.06790.2130.14630.96990.05991.672-0.01530.1913-0.0367-0.10830.046-0.0821-0.00880.0914-0.03070.03030.00040.01290.074-0.00980.008637.436731.957617.4182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2A152 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3A256 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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