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- PDB-6xnv: CRYSTAL STRUCTURE OF LISTERIA MONOCYTOGENES CBPB PROTEIN (LMO1009... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LISTERIA MONOCYTOGENES CBPB PROTEIN (LMO1009) IN COMPLEX WITH C-DI-AMP
要素CBS domain-containing protein
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / c-di-AMP binding protein
機能・相同性: / : / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / Chem-2BA / CBS domain-containing protein / Lmo1009 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luo, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: (p)ppGpp and c-di-AMP Homeostasis Is Controlled by CbpB in Listeria monocytogenes.
著者: Peterson, B.N. / Young, M.K.M. / Luo, S. / Wang, J. / Whiteley, A.T. / Woodward, J.J. / Tong, L. / Wang, J.D. / Portnoy, D.A.
履歴
登録2020年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein
B: CBS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7094
ポリマ－37,3932
非ポリマー1,3172
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.934, 61.934, 171.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CBS domain-containing protein / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 18696.324 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 12-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A1D2IWV8, UniProt: Q8Y8A3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % / Mosaicity: 0.245 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 200 mM CaCl2, 100 mM imidazole, pH 8.0, 14% PEG 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 13591 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 64523
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.494.20.47412500.8270.2450.5360.97392.9
2.49-2.594.60.36713130.8870.1850.4121.08697
2.59-2.74.50.26313090.9420.1330.2961.08498.3
2.7-2.845.10.2113440.9620.10.2331.08599.8
2.84-3.0250.16213530.9760.0780.1811.08899.7
3.02-3.264.70.12113680.9750.0610.1361.08599.2
3.26-3.5850.09913480.9860.0480.111.00899.5
3.58-4.14.90.08213940.990.040.0921.02399.6
4.1-5.164.80.06814110.9910.0340.0771.02499
5.16-254.50.05615010.9940.0290.0641.06697.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LQN

3lqn


解像度: 2.4→24.93 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 1357 10 %
Rwork0.2108 12211 -
obs0.2172 13568 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.85 Å2 / Biso mean: 64.4257 Å2 / Biso min: 31.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 88 14 2230
Biso mean--52.31 56.44 -
残基数----265
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.490.42441250.30321124124993
2.49-2.590.29571310.25431182131397
2.59-2.70.29011310.24271178130998
2.7-2.840.36141350.255512081343100
2.85-3.020.33671340.258312171351100
3.02-3.260.31361360.22631231136799
3.26-3.580.33051350.217812091344100
3.58-4.10.21911380.195612521390100
4.1-5.150.23511420.18321267140999
5.16-24.930.27141500.20231343149399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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