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- PDB-6xnj: Crystal structure of the PDZ domain of human GOPC in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnj
タイトルCrystal structure of the PDZ domain of human GOPC in complex with a peptide of E. coli O157:H7 str. Sakai effector NleG8
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • NleG8 peptide
キーワードPROTEIN BINDING / UBIQUITINATION / EFFECTORS / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in symbiotic interaction / negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle ...biological process involved in symbiotic interaction / negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin-protein transferase activity / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Effector protein NleG / Effector protein NleG superfamily / Effector protein NleG / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
T3SS secreted effector NleG / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Popov, G. / Chang, C. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the PDZ domain of human GOPC in complex with a peptide of E. coli O157:H7 str. Sakai effector NleG8
著者: Popov, G.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
B: NleG8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0514
ポリマ－10,8582
非ポリマー1922
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.759, 68.759, 59.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

21A-530-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / CFTR-associated ligand / Fused in glioblastoma / PDZ protein interacting specifically with TC10 / PIST


分子量: 9725.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド NleG8 peptide


分子量: 1133.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 str. Sakai (大腸菌)
株: O157:H7 strain Sakai / 遺伝子: NleG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XAN6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1 M Hepes pH 7.5, 2 mM peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→35 Å / Num. obs: 14417 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 21.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 723 / CC1/2: 0.967 / Rpim(I) all: 0.283 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+34 / 解像度: 1.85→34.38 Å / SU ML: 0.1754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.3201
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 709 4.92 %RANDOM
Rwork0.1611 13688 --
obs0.1627 14397 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数723 0 10 169 902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89131021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0656119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7794286
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.990.21251400.19352684X-RAY DIFFRACTION99.3
1.99-2.190.22361440.17422691X-RAY DIFFRACTION99.89
2.19-2.510.21851380.15882729X-RAY DIFFRACTION99.83
2.51-3.160.19211430.17382738X-RAY DIFFRACTION99.79
3.16-34.380.17771440.14622846X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26057917684-3.71907356748-2.174798053976.853205344262.566832287898.25136661334-0.0556789039310.1057983081860.1159072579530.1520409473610.03534877178040.192821834999-0.0653847290524-0.363235095249-0.02225430956340.1536018031380.00815123070151-0.00855774284970.09333098272160.003046713069370.15828864937130.7513851726-14.3241843868-22.2140270959
22.847235851240.9973611270810.1719040419252.65552188875-0.4787125642213.244343530810.0589108459409-0.1462772099670.02300521195330.0188632653778-0.088987379718-0.059901774278-0.000476189815462-0.05381589101790.02853690179560.1481011050270.0133584880930.006601484279240.127609742149-0.004094604968860.14603352928936.2007288794-13.3403736648-14.3574999817
33.5956507053-0.2175014509110.3743495205075.712180130621.512505561065.067420842440.08958090163950.007332299756550.114507415247-0.0245406581558-0.111637768722-0.171891050461-0.2643899550440.07043548158120.05242517747270.11995719835-0.02053376580070.04139734671420.1034021560630.03203064176140.12403358865536.5080989553-7.51361323851-17.4900226982
43.898835865283.126115988843.981494274646.378743942450.2108387677416.90601078811-0.0648639474953-0.6254627391640.4000174893980.458055372037-0.09125007482820.217853114168-0.886431623697-0.2498044592280.2200576492670.2959530567610.007801692194780.04863188105790.222687436463-0.03359324596070.21675355861636.1755019745-9.01147594073-4.13086366889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 276:288
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 289:337
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 338:362
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 208:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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