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- PDB-6xnb: The Crystal Structure of the S154Y Mutant Carbonyl Reductase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnb
タイトルThe Crystal Structure of the S154Y Mutant Carbonyl Reductase from Leifsonia xyli Explains Enhanced Activity for 3,5-Bis(trifluoromethyl)acetophenone Reduction
要素Short chain alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Carbonyl Reductase / Leifsonia xyli / L. xyli
機能・相同性Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Short chain alcohol dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Leifsonia xyli (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Dinh, T. / Phillips, R.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of the S154Y mutant carbonyl reductase from Leifsonia xyli explains enhanced activity for 3,5-bis(trifluoromethyl)acetophenone reduction.
著者: Li, J. / Dinh, T. / Phillips, R.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.52023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1374
ポリマ－25,0641
非ポリマー733
水5,909328
1
A: Short chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,54816
ポリマ－100,2564
非ポリマー29212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area14590 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.160, 59.160, 118.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-303-

MG

31A-445-

HOH

41A-460-

HOH

51A-502-

HOH

61A-558-

HOH

71A-623-

HOH

81A-676-

HOH

91A-696-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Short chain alcohol dehydrogenase


分子量: 25064.090 Da / 分子数: 1 / 変異: S154Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leifsonia xyli (バクテリア) / 遺伝子: sdr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2FLN4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 % / 解説: bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 24% PEG3350, 0.1 M MgCl2 / PH範囲: 7-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→41.94 Å / Num. obs: 73758 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 11.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07011 / Rpim(I) all: 0.02082 / Rrim(I) all: 0.07324 / Net I/σ(I): 13.66
反射 シェル解像度: 1.16→1.201 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 7190 / CC1/2: 0.343 / CC star: 0.715 / Rpim(I) all: 0.9424 / % possible all: 72.35

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5h5x

5h5x


解像度: 1.16→41.94 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 1810 2.72 %
Rwork0.162 64832 -
obs0.1623 66642 90.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.47 Å2 / Biso mean: 17.8429 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→41.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 21 330 2106
Biso mean--17.92 27.87 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0962500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.842622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.16-1.190.4481080.41473867397571
1.19-1.230.33051130.36194119423276
1.23-1.270.28911280.28844341446980
1.27-1.310.27781270.26844561468884
1.31-1.360.22431260.22214745487187
1.36-1.430.21111360.19264945508191
1.43-1.50.19031450.16415087523293
1.5-1.590.13131500.13895303545396
1.6-1.720.16371480.1345381552998
1.72-1.890.15251550.14475465562099
1.89-2.160.14561520.13425483563599
2.16-2.730.15261570.13395607576499
2.73-41.940.15321650.140459286093100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21420.01030.06280.19820.00690.46110.02460.0009-0.0290.0325-0.04390.0130.0677-0.0441-0.00120.10890.01180.01830.0746-0.00440.098117.488716.288415.7537
20.20570.138-0.01540.1084-0.08360.2911-0.01980.0181-0.11790.0066-0.02090.02020.11420.0074-0.00340.1220.02630.00960.0644-0.00140.106331.880218.993414.204
39.4892-5.22574.92985.756-2.91984.84860.072-0.0109-0.0535-0.060.003-0.02050.0011-0.0185-0.04750.12830.03-0.01110.16-0.00150.119341.414122.21422.1406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 178 )A1 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 179 through 250 )A179 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 251 through 251 )A251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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